2020-07-08
隨著抗生素藥物的發現及使用，產生了越來越多的耐藥菌株。耐藥性會增加疾病治療的難度和成本，因此耐藥微生物的研究顯得尤為重要。細菌的多種耐藥機制由大量耐藥基因所編碼。耐藥菌在基因水平上的改變主要包括固有耐藥性、獲得耐藥性以及多重耐藥性。固有耐藥性來源于細菌本身染色體上的耐藥基因。獲得耐藥性則是由于敏感的細菌發生基因突變或獲得外源性耐藥基因所產生的。多重耐藥性則是指細菌同時對多種不同作用機制，或結構完全各異的抗菌藥物具有耐藥性。當前在全世界范圍內，多種病原菌甚至出現了多重耐藥株，甚至泛耐藥株。
目前利用基因組高通量測序序列數據與生物信息學方法, 可深度剖析細菌耐藥機制, 確定新藥靶點，尋找新的抗生素，這在一定程度上可以幫助我們解析耐藥機制，為疾病治療、藥物研發等提供參考。
這其中最核心的內容就是耐藥基因數據庫，一個完備、精確、更新及時的數據庫，是耐藥基因篩查工作的核心。
ARDB是最先整合了各種微生物中抗藥基因的數據庫，但它從2009年開始就不再更新。
而CARD(the Comprehensive Antibiotic Research Database)數據庫包含了ARDB數據庫中所有抗性信息，在構建之初就充分考慮到新的耐藥基因隨抗生素的使用不斷產生的問題，搭建了一個數據共享平臺，以ARO（Antibiotic Resistance Ontology）為核心對抗性數據進行整合，以達到數據實時更新的目的。
一起來看看如何利用CARD數據庫在線進行進行耐藥基因預測？
地址：https://card.mcmaster.ca/，點擊鏈接進入CARD數據庫；
在CARD數據庫網站，點擊“Analyze”選項可進入耐藥基因預測界面。
耐藥基因預測分析可通過選擇“BLAST”和“RGI(Resistance Gene Identifier)”兩種模式來實現；
1、BLAST是依賴NCBI中BLAST軟件，將序列與CARD數據庫中的參考序列進行比對，獲得相關的注釋信息；
2、RGI是CARD數據庫團隊開發的基于蛋白預測抗性基因序列的軟件，即通過蛋白同源和蛋白變異兩種模式來預測抗性基因序列，同時還提供了畫圖功能，兼具實用和高效的特性；
可視化結果展示
以上就是CARD數據庫的在線使用，您get到了嗎？
快來一起試試吧！
派森諾生物可提供小基因組（細菌、真菌、細胞器、DNA/RNA病毒）測序服務，基于高通量測序技術，獲得基因組的圖譜信息，并在結構基因組學、比較基因組學層面通過差異分析、同源基因分析、共線性分析、物種進化分析等手段探究小基因組的性質，為溯源和進化研究等提供證據。
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