2020-02-02
新型冠狀病毒感染的肺炎疫情自2019年12月在武漢爆發以來，科學界對這一病毒正進行爭分奪秒的研究。我國此前已公布了新型冠狀病毒的全基因組序列，由復旦大學生物醫學研究院張永振教授領導的協作團隊完成。
新型冠狀病毒基因組序列有什么作用呢？
1、借助冠狀病毒序列可進行溯源研究，研究宿主與病毒的關系
2020年1月23日，中國科學院武漢病毒研究所石正麗團隊在bioRxiv預印版平臺上發表文章Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin，報道了武漢新型冠狀病毒nCoV-2019。在早期開始的時候，從5名病人體內獲得了該病毒的全基因組，其中這5例基因組基本上一致，并于SARS-CoV的序列一致性有79.5%。重要的是，nCoV-2019與一種蝙蝠中的冠狀病毒的序列一致性高達96%。
目前證據顯示，SARS-CoV和MERS-CoV這兩種病毒分別通過果子貍和駱駝傳染給了人類。在感染人之前，病毒可能都源自蝙蝠，并分別在果子貍和駱駝群體內廣泛傳播、變異，最終形成了可以感染人類、在人與人之間傳播的病毒。
雖然研究者在華南海鮮市場的環境樣本中分離出了新冠病毒，但是，也有科學家強調，我們不能忽略第一批確診的41個病例中，接近1/3的人與海鮮市場沒有任何接觸。
這次的疾病可能與SARS和MERS類似，也許病毒都源自蝙蝠，但也都不是蝙蝠直接將病毒傳播給了人類，而是通過感染某種中間宿主（比如SARS-Cov通過果子貍，MERS-Cov通過駱駝），最終感染了人類。
2、冠狀病毒序列有助于進行流行病學研究
1月29日，來自中國多家多家疾控中心聯合中國香港大學李嘉誠醫學院公共衛生學院的聯合署名作者在新英格蘭雜志上發表了第一項包含425例2019-nCoV病毒感染相關肺炎的流行病學和傳播動力學特征數據。
該報道收集了截至2020年1月22日已報告的實驗室確診NCIP（新型冠狀病毒相關肺炎）病例的人口統計學特征，接觸史和疾病時間表的信息。通過三種方法之一從患者的支氣管肺泡灌洗液樣本中鑒定出基因組：Sanger測序，Illumina測序或納米孔測序。描述了病例的特征并估算了主要的流行病學時延分布。在指數增長的早期，我們估計了疫情的倍增時間和基本增殖速率。
結果在前425名確診NCIP的患者中，中位年齡為59歲，男性為56％。到2020年1月1日之前發病的大多數病例（55％）與華南海產品批發市場有關，而隨后的病例為8.6％。平均潛伏期為5.2天（95％置信區間[CI]為4.1至7.0），分布的第95個百分位數為12.5天。
在早期階段，該流行病每7.4天增加一倍。平均連續間隔為7.5天（95％CI，5.3至19），基本增殖速率估計為2.2（95％CI，1.4至3.9）。
3、冠狀病毒序列有助于進行診斷試劑盒、抗病毒藥物的研發
對于一種新型病毒來說，拿到全基因組序列后，就相當于拿到了病毒的完整“大數據”，其鑒定依賴該病毒RNA序的高度保守序列，即使病毒再次發生變異，這些高度保守的序列在進化中基本保持不變，為試劑盒的研發奠定及疾病的快速診斷奠定了基礎。
抗病毒藥物的開發很大一部分是依托于病毒基因的，在病毒基因組上尋找藥物突破的靶點。因此病毒的基因組研究對藥物的開發和研究，都是有很大幫助的，可為醫藥企業提供完整的病毒數據，來確保抗病毒藥物靶點的精準度。
作為一種新型冠狀病毒，其基因組序列的破譯有賴于高通量測序的支持，病毒的全基因組測序以及對應的生物信息學方法是研究病毒進化、毒力因子編譯、疫病爆發之間的關系、疫病傳播途徑、不同遺傳變異的分布模式，疫病發生地理區域的基礎。
最后，每一場疫情之戰，也是科學之戰，是人類認識未知的艱辛跋涉。與病毒較量，拼的是知識、智慧和勇氣，我們有信心，也有能力打贏這場疫情防控狙擊戰。
派森諾生物可提供病毒（DNA/RNA病毒）全基因組測序服務，基于高通量測序技術，獲得病毒基因組的圖譜信息，并在結構基因組學、比較基因組學層面通過差異分析、同源基因分析、共線性分析、物種進化分析等手段探究病毒的性質，為病毒的溯源和進化研究提供證據。
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參考文獻
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5. Early Transmission Dynamics in Wuhan, China, of Novel Coronavirus–Infected Pneumonia.
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