2019-12-31
作為一個精致的circRNA研究者，這些數據庫你可不能不知道，今天帶你從circRNA研究小白快速晉升為大神。
環(huán)狀RNA（circRNA）是一類特殊的非編碼RNA分子（在活體中有時也有表達），也是RNA領域最新的研究熱點。與傳統(tǒng)的線性RNA（linear RNA，含5’和3’末端）不同，circRNA分子呈封閉環(huán)狀結構，不受RNA外切酶影響，表達更穩(wěn)定，不易降解。在功能上，近年的研究表明，circRNA分子富含microRNA（miRNA）結合位點，在細胞中起到miRNA海綿（ miRNA sponge）的作用，進而解除miRNA對其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表達水平；這一作用機制被稱為競爭性內源RNA（ceRNA）機制。目前報道稱，circRNA與動植物的應激脅迫，生長發(fā)育和疾病病理方面都有著非常重要的作用。
利用高通量測序可以非常快速便捷的得到生物體表達的circRNA相關信息。在我們完成測序工作后，如何進一步分析挖掘我們的數據呢？這個時候，給大家介紹幾大數據庫，方便推進我們的研究工作。
此處小編插一句話：由于咱們互聯(lián)網的迅猛發(fā)展，網絡信息紛繁復雜，以下數據庫均為小編親測可以使用，有些數據庫鏈接都打不開了的，咱就不介紹給大家了哈~~
circBase 收集包括以下 6 個物種的 circRNA 信息：人 (hg19)、小鼠 (mm9) 、秀麗線蟲 (ce6)、黑腹果蠅 (dm3)、矛尾魚 (latCha1)、腔棘魚 (latCha1)。該數據庫是目前相對收錄信息比較全和完整的，數據也能下載，非常實用。該數據庫特點是可以通過檢索得知circRNA的基因組序列，位置信息，對應的基因信息，circRNA成環(huán)序列，相關文獻鏈接等等，比較遺憾的是，目前這個數據庫只能針對上述物種已知的circRNA進行信息檢索。
（http://202.195.183.4:8000/circrnadb/circRNADb.php）
circRNADb是一個人類circRNA的綜合數據庫。是首個匯總可編碼蛋白的環(huán)狀RNA的數據庫，這個數據庫的最新版本包含32914個帶注釋的外顯子circRNA，對于大規(guī)模研究circRNA，特別是對人類的研究，是一個非常重要的資源。該數據庫特點是界面清晰，設計比較人性化，設計了通過基因名稱（Gene symbol），PubMed ID及細胞或組織類型三種檢索途徑，滿足不同客戶的需求。就目前來看，預測與驗證circRNA編碼多肽的功能也是環(huán)狀RNA未來重要的研究方向。
TSCD是Tissue-Specific CircRNA Database的簡寫，是檢索人和小鼠中組織特異性的circRNA信息的數據庫，也包括成人和胚胎的不同組織。該數據庫特點是可以通過檢索得知不同組織中的特異性表達的circRNA，直接點擊關注的circRNA還可以得知潛在結合的miRNA和蛋白種類，并且顯而易見，該數據庫提供兩個基因組版本的circRNA信息哦。
（https://circinteractome.nia.nih.gov/）
數據庫CircInteractome預測了已知的109個RNA結合蛋白數據集與circbase中的circRNA的結合位點，并利用Targetscan軟件預測了miRNAs與circRNA的潛在結合位點。可進行circRNA分子檢索、circRNA結合蛋白預測、PCR引物設計、siRNA干擾序列設計等操作。該數據庫特點就是功能全。目標篩選，數據挖掘，驗證實驗，該數據庫伴您始終。
介紹了這么多數據庫，大家是不是摩拳擦掌，躍躍欲試了呢？大家若在使用中有什么問題歡迎點擊下方的留言咨詢我們，派森諾將以專業(yè)的測序知識，優(yōu)良的服務態(tài)度等待著大家。
