2019-08-07
文案 | 派森諾基因組
40℃夏季高溫，實驗室勞累了一天，做研究的過程中卻總是各種無奈，定位不到區間，找不到控制性狀的候選基因？
派森諾基因組，已為您準備好夏季清涼果盤，助力水果性狀的初定位。
西瓜BSA-矮桿性狀基因定位
西瓜是世界上食用最多的五種水果之一，占全球蔬菜種植面積的7%。矮稈是西瓜最重要的性狀之一，分別選取30株矮稈西瓜，30株正常西瓜DNA等量混合構建極端混池；同時對兩個親本單獨建庫，得到了352,000的SNPs，其中純合SNP為97,186個，注釋得到了4個候選基因，提出基因Cla010726 可能是西瓜中矮稈性狀的候選基因，通過qRT-PCR的方法驗證ClaGA20ox 基因是造成西瓜矮化的主要原因之一。
梨BSA-梨皮顏色基因定位
研究者使用F1群體中的28個紅皮梨和27個綠皮梨構建混池，將 QTL區間定位于5號染色體上。開發候選區間中的indel和SSR標記，將候選基因定位于582.5kb區間內，一些已知與花青素合成相關的NAC、WRKY轉錄因子位于該區間的81個基因中。3個標記與紅綠皮基因連鎖，可以用于鑒定亞洲梨群體中的紅皮性狀。
番茄BSA-果實大小基因定位
利用全基因組變異數據對番茄進行系統發生和群體結構分析，發現番茄群體分為3個亞群，即醋栗番茄、櫻桃番茄和大果栽培番茄。通過群體間核苷酸多樣性比較，鑒定了186（64.6 Mb）個馴化階段和133個改良階段受選擇的區域(54.5 Mb)，結合控制果實重量的QTLs分析，發現5個馴化基因/QTL和13個改良基因/QTL受到人類的定向選擇。
柑橘BSA-多胚化基因定位
本研究利用構建的柑橘基因組結合前期構建的遺傳群體，針對性設計了極端表型混池測序和局部基因關聯分析的策略，將柑橘多胚位點定位到一段80Kb的區域，包含11個候選基因。進一步精細剖析發現候選基因CitRWP 與多胚性狀的關聯程度最高，并表現出胚珠特異表達的特點，且在多胚的表達顯著高于單胚。
以上就是小編給各位圈友介紹的水果BSA性狀定位的典型案例。
利用BSA定位目標基因，不同的群體、不同的項目策略、不同的定位方法，結果可能會出現不同的效果。派森諾為您提供適合的研究方案，幫助您快速定位到候選區間，為您的科研之路保駕護航！
參考文獻
1. Dong Wei,Wu Defeng,Li Guoshen et al. Next-generation sequencing from bulked segregant analysis identifies a dwarfism gene in watermelon.[J] .Sci Rep, 2018, 8: 2908.
2. Xue Huabai,Shi Ting,Wang Fangfang et al. Interval mapping for red/green skin color in Asian pears using a modified QTL-seq method.[J] .Hortic Res, 2017, 4: 17053.
3. Lin Tao,Zhu Guangtao,Zhang Junhong et al.Genomic analyses provide insights into the history of tomato breeding.[J] .Nat. Genet., 2014, 46: 1220-6.
4.Wang Xia,Xu Yuantao,Zhang Siqi et al. Genomic analyses of primitive, wild and cultivated citrus provide insights into asexual reproduction.[J] .Nat. Genet., 2017, 49: 765-772.
