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派森諾生物 - 絕對定量轉錄組測序

2019-06-25


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文案 | 轉錄調控事業部


轉錄組測序作為研究基因表達的利器,已成為分子生物學研究領域常用的重要技術,轉錄組測序通過對mRNA反轉錄形成的cDNA進行測序從而分析基因表達量,為了使cDNA濃度達到上機測序要求,我們需要對cDNA片段進行擴增。由于PCR擴增具有偏好性,不同的cDNA片段被放大的倍數不均一,再加上測序過程中有些片段會被過度擴增,這能夠使我們了解基因表達大體趨勢,但是無法滿足對基因原始表達量的絕對定量。


派森諾生物推出超低RNA起始量的絕對定量轉錄組測序,將在cDNA擴增前,為所有cDNA片段添加上特異標簽-UMI(Unique Molecular Identifiers),通過計算與cDNA相連的UMI個數,就能準確獲得原始的cDNA數量,實現基因表達的準確定量。

 

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UMI絕對定量實驗原理


絕對定量轉錄組優勢


? RNA起始量低,更適合量少與珍貴樣品

? 基因表達水平的準確定量,避免低豐度基因丟失

? 準確定量動植物中寄生菌的轉錄本

? 可區分天然重復與擴增重復,準確識別可變剪切事件

? 校正擴增過程中出現的堿基錯誤,使RNA編輯分析更為準確


我們擁有10年高通量測序經驗,完善的測序平臺,強大分數據處理服務器,經驗豐富的實驗、技術與生信團隊,為您提供“售前咨詢→樣品提取→文庫構建→上機測序→數據分析→技術答疑”一整套連續的服務,為您的科研工作保駕護航。

 

參考文獻


1. Boone M, De Koker A, Callewaert N. Capturing the 'ome': the expanding molecular toolbox for RNA and DNA library construction. Nucleic Acids Res. 2018;46(6):2701–2721.


2. Smith T, Heger A, Sudbery I. UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Res. 2017;27(3):491–499.


3. Emanuel G, Moffitt JR, Zhuang X. High-throughput, image-based screening of pooled genetic-variant libraries. Nat Methods. 2017;14(12):1159–1162.


4. Saiful Islam, et al. Quantitative single-cell RNA-seq with unique molecular identifiers. Nature Methods. 2014, 11:163-166.


5. Kivioja T, et al. Counting absolute numbers of molecules using unique molecular identifiers. Nat Methods. 2011, 9(1):72-4.

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