2019-05-29
很多老師有沒有一種感慨，辛辛苦苦做完實驗設計，測序工作，數據分析和文章撰寫，在文章發表的前夕，還有一項磨人的工作不得不做，那就是數據上傳。
為什么要進行數據上傳？
數據上傳到哪里？
怎么進行數據上傳？?
突然之間的三連問是不是有點懵，不要怕，本篇軟文就來帶領大家梳理這些問題，數據上傳So easy~
為什么要進行數據上傳？
簡單來說，為了發表文章，但根本原因是為了幫助大家管理這些動輒幾十個G或者幾T的數據，同時實現科研共享。
數據上傳到哪里？
這里建議將數據上傳到NCBI的SRA數據庫。NCBI SRA（Sequence Read Archive）數據庫是最常用的存放測序Raw Reads的數據庫（當然還有GEO等其他大的相關的上傳數據的數據庫，大家感興趣的可以自行檢索）。
將測序數據上傳至該數據庫，可分為4大步：
? 注冊并登錄NCBI賬號；
? 申請BioProject號；
? 申請BioSample號；
? 創建SRA提交任務。?
搞清楚這4大步，上傳過程不復雜！
一 注冊并登錄NCBI賬號
網址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
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打開網址，點擊右上角 Sign in to NCBI；
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點擊注冊賬號 Register for an NCBI account；
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填寫賬號郵箱等信息，點擊 Create accout 完成注冊。
二 申請BioProject號
登錄賬號后，打開網址https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/，并進入，界面如下。
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點擊 BioProject，再點擊 New submission。BioProject：主要描述測序項目的研究目的，不同類型的數據（如基因組和轉錄組）可以都放到一個BioProject下。申請成功后，NCBI會給一個類似PRJNA544896這樣的號，申請過程任何遇到問題，可以寫信給他們的工作人員（[email protected]），很快就能收到回復；
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SUBMITTER，填寫信息，完成后點擊continue。
注：Submitting organization：提交組織、機構或者學校等研究單位。Department：實驗室或課題組或科室名稱。
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SAMPLE TYPE，選擇數據類型。轉錄組數據選擇第二個，其它數據視實際情況選擇。Sample scope選擇Multiisolate。點擊continue；
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輸入測序數據的物種拉丁名（必填），如果是微生物細菌，還需要填寫菌株的名稱。分離提取或培養組織名稱等，簡單描述，此處可省略。點擊continue；
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填寫project釋放時間，如沒有特殊要求，一般為立即釋放，Public description，主要寫數據測序目的，測序組織等。此處必須填寫。點擊continue；
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填寫Biosample。此處省略，直接continue。因為上傳步驟一般先申請Bioproject號，再申請Biosample號。點擊continue；
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如果文章已經發出，可以填寫Pubmed ID或者文章的DOI。點擊continue；如果文章還未發出，可以不填。
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確認填寫的信息，點擊submit后提交完成。
至此Bioproject號申請完成，會立即收到郵件。
三 申請BioSample號
打開網址https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/。這與BioProject號不同，這里要求每個樣品申請一個biosample號。
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點擊BioSample后，在新的界面點擊New submission；
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SUBMITTER，填寫信息。同BioProject。點擊continue；
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GENERAL INFO，同BioProject，多個樣品選擇Batch/Multiple Bio Samples。點擊continue；
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SAMPLE TYPE，選擇樣品的類型，植物、動物、人等，選擇和自己樣品分類一致的選項即可。點擊continue；
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ATTRIBUTES，上傳樣品信息表。點擊紅色箭頭處，下載信息模板。點擊綠色箭頭處，可以查看模板中每一項表頭的解釋，得知如何填寫樣品信息表。excel可直接打開下載的模板，如圖：表格綠色部分必填，黃色部分選填，藍色表示這些字段中至少有一個是必需的，如果信息不可用，請根據情況輸入“未收集”、“不適用”或“缺少”。。每個樣品生成一個文件（先填寫一個文件試著上傳，如果有報錯可以修改，之后只需改動樣品名即可）。點擊continue；
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確認填寫的信息，點擊submit后提交完成。幾分鐘內就會收到郵件，包含BioSample號。
四 創建SRA提交任務
打開網址https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/，并進入。
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點擊SRA，New submission。文件可以用gzip或者bzip2壓縮，不能用zip壓縮。注：所有文件名必須唯一不可重名；
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SUBMITTER，填寫信息，同BioProject號申請。點擊continue；
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GENERAL，填寫申請好的BioProject號及數據釋放時間。點擊continue；
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METADATA，上傳文件信息表。點擊箭頭處，下載表格模板，并按照介紹填寫（每一列都必填），填寫完成后在瀏覽處上傳表格，點擊continue。
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FILES，上傳壓縮好的原始數據，如果文件大于10GB，或者多于300個文件，不能用網頁上傳，可安裝Aspera插件后上傳。點擊箭頭處下載插件，安裝后回到網頁繼續上傳。由于測序數據較大，網速的限制等原因，這個過程所需時間可能較長，還請大家耐心等待哦。
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OVERVIEW，確認填寫的信息，提交。
完成了前面的四個步驟，所有的操作就已經完成了，靜靜等待NCBI發送序列號郵件就可以了。
歡迎大家學習和嘗試前往NCBI上傳原始數據，測序文章的成功發表，離不開數據的成功上傳，大家加油~~
