2019-01-15
文案 | 轉錄調(diào)控事業(yè)部
新年伊始的時候跟大家分享了《轉錄組測序結題報告怎么看？點進來就知道啦！》，看懂結果是解讀數(shù)據(jù)的第一步，如何把結果跟最終的課題相關聯(lián)，即數(shù)據(jù)的挖掘是數(shù)據(jù)到文章的轉化關鍵，咱們今天就來聊聊如何在轉錄組結果中挖掘關鍵基因。
有參轉錄組
有參考基因組的物種進行轉錄組研究，因為基因的信息是已知的，所以在挖掘基因上會相對簡單。
1、通過參考文獻和前期實驗獲得了一些預期基因的信息，可以直接在轉錄組的差異分析結果中看基因的表達變化，是否為差異基因。文章思路參考《BmSUC1調(diào)節(jié)家蠶的糖代謝途徑》。
———是，直接整理差異基因的GO和KEGG結果，明確目標基因通過什么功能和代謝通路發(fā)揮作用，富集在相同功能和通路上的其他基因以及在聚類分析中表達模式跟目的基因相近的其他基因也可以一起研究。
———否，看差異分析的標準是否需要調(diào)整，(調(diào)整下面的DESeq表格中的foldchange值)，把目的基因擴充進來，之后參照差異基因的整理方法即可；如果目的基因幾乎沒有變化，可以通過尋找目的基因的同源基因，關聯(lián)基因等信息來擴充研究的范圍，或者通過現(xiàn)有的差異分析的富集的結果，看富集的功能和代謝通路是否可以跟目的基因相關聯(lián)。
2、前期并沒有什么目的基因，想要通過轉錄組的結果來看對照和處理的可能機制，那么直接整理項目的差異分析結果，說明差異基因的上下調(diào)情況，和具體的顯著富集的功能和代謝通路即可；如果想要在轉錄組結果中篩選一些關鍵的基因，則需要通過GO和KEGG的富集分析結果，篩選顯著差異的條目進行分析，來縮小研究的差異基因的范圍。例如下表中p值<0.05的GO顯著富集的條目有三條，那么這三個條目上富集的基因可以重點關注。文章思路參考《肉質品冷藏變質是誰在搗鬼？氣調(diào)包裝為啥能延長保鮮期?》。
無參轉錄組
無參考基因組的物種進行轉錄組研究，因為基因的信息是未知的，所以在挖掘基因上會相對有參的物種麻煩一些。建議可以在無參物種的注釋結果中添加近緣有參物種的同源基因信息或者模式物種的同源基因信息，便于后續(xù)的基因查找。
1、通過參考文獻和前期實驗獲得了一些預期基因的信息或功能，在無參的結果中如何獲得目的信息：
——在unigene的總的注釋表格中通過關鍵詞進行查找，可以直接獲得注釋為該目的基因的unigene；在注釋結果的GO和KEGG整理信息中獲得目的功能和通路的信息，進而獲得目的unigene；
——通過目的基因或蛋白的序列信息blast查找unigene中的同源基因，獲得目的 unigene；
對于獲得的目的unigene，可以在差異分析的結果中查看是否屬于差異基因，之后的分析參考有參基因組的關鍵基因查找的思路即可。
2、前期沒有特殊的目的基因，想要通過轉錄組的結果來看對照和處理的可能機制，這種情況跟有參的項目這種情況類似，直接整理項目的差異分析結果，說明差異基因的上下調(diào)情況，和具體的顯著富集的功能和代謝通路即可；如果想要在轉錄組結果中篩選一些關鍵的基因，則需要通過GO和KEGG的富集分析結果，篩選跟研究目的相關的條目進行分析，來縮小研究的差異基因的范圍。文章思路參考《RNA-Seq+qRTPCR，轉錄組文章輕松發(fā)》。
