2018-12-11
冷空氣過境，天氣一秒入冬，大雪紛飛的日子，喝點萬能的熱水，咱們來熱身一下。關于定量蛋白組學，做項目的時候經常會面臨一個選擇，項目是該做非標記蛋白組還是做標記蛋白組呢，今天咱們就來討論一下標記和非標記蛋白組的適用問題。
標記蛋白組
以iTRAQ和TMT為代表的標記蛋白組，主要是使用同位素標簽，通過特異性標記多肽的氨基基團，進行串聯質譜分析，最終得到蛋白的定量信息。iTRAQ和TMT二者的區別，主要是采用的標簽數不同，iTRAQ采用4種或8種同位素的標簽， TMT采用2種、6種或10種同位素的標簽。
標記蛋白組特點
? 快速、準確：可同時對2-10 種不同條件樣品進行蛋白質差異分析，不同標簽混合后上機，具有較好的平行性，實驗誤差小。
? 樣本廣泛：對各種來源的樣本的都可以進行分析，且幾乎可以跟樣本中所有蛋白種類結合。
? 靈敏、高效：與凝膠分離的蛋白質定量技術相比，標記質譜定量技術可檢測到更多類型的蛋白質分子，如低豐度蛋白質、強酸（堿）性蛋白質、<10KD 或>100KD 的蛋白質分子。
非標記蛋白組
label-free是通過液質聯用技術對蛋白質酶解肽段進行質譜分析，無需使用昂貴的穩定同位素標簽做內部標準，只需分析大規模鑒定蛋白質時所產生的質譜數據，比較不同樣品中相應肽段的信號強度，從而對肽段對應的蛋白質進行相對定量。
非標記蛋白組特點
? 成本低：無需昂貴的同位素標簽做內部標準，實驗耗費低；
? 操作少：對樣本的操作少，從而使其最接近原始狀態；
? 受樣本限制少：不受樣品條件的限制，克服標記定量技術在對多個樣本進行分析方面的缺陷；
? 平行性要求高：對實驗操作穩定性、重復性要求高，要求至少做三次生物重復。
? iTRAQ/TMT和Label-free技術的比較：
所以綜上所述，不是哪個方法熱度高就選哪個，而是要根據自己的實驗目的和樣本具體情況，選擇最合適自己的項目類型，需要做蛋白組的小伙伴快來了解一下吧。
