2018-11-15
文案 | 微生物組事業部
高通量測序技術的發展，不僅讓我們對微生物的群落結構有了更全面的了解，更是大大加快了對微生物群落功能代謝的研究進程，也讓越來越多的老師們注意到了PICRUSt功能預測與宏基因組測序，并在這兩大利器的加持下，更深入的挖掘到了微生物群落代謝功能的相關信息！
相信老師們在做完PICRUSt代謝功能預測或宏基因組測序之后，都會得到許多的K numbers，這可是個好東西！這些K numbers數據，能夠幫助各位老師在KEGG數據庫中找到它們所涉及的代謝通路圖，獲得更深層的代謝信息！
KEGG數據庫，是一個能系統分析基因功能，將基因與功能信息相聯系（劃重點！！）的大型知識庫，它還將代謝通路進行了歸類與進一步的等級劃分，就像下面這樣↓↓↓
有意思的是，KEGG還具有強大的作圖功能，能利用圖形來展示眾多的代謝途徑以及各途徑之間錯綜復雜的關系，比如剛才咱們提到的代謝通路圖！
說到這里，這個代謝通路圖要怎么做呢？為了方便各位老師分析，我們特地整理了一套簡單的KEGG代謝通路圖的在線制作流程。
話不多說，點擊下方鏈接：
https://www.genome.jp/kegg/pathway.html
然后我們就看到下面這個有著花花綠綠logo的KEGG數據庫啦，數據庫的首頁就展示了各種1級通路的信息與部分2級通路的信息：
點擊你需要的1級通路信息，就可以看到相應的2級和3級通路信息，就像下面這樣：
然后找找看有沒有你關注的通路信息！找到了？好嘞，點進去！
看到新頁面沒有？這個頁面已經自動生成了該通路的通路圖：
但是這些通路看不出來和我們的數據有什么聯系啊！
別急！點擊綠色框框里的User data mapping，會跳出來一個小框：
沒錯，就是它！
在這個框里輸入/復制咱們預測得到的K numbers信息（這個信息可以在PICRUSt功能預測結果文件夾中的predicted_metagenomes_kegg.txt表格里找到）：
就像這樣~
點擊Pathway mapping，等待一會兒，我們會看到對話框中顯示了該通路中已預測到的K numbers的信息，還標注了其功能基因的信息：
接著，原來的網絡圖也會更新，就像下面的圖一樣，圖中用紅色特別標注的就是涉及到的路徑了！
最后，右鍵另存為就可以把查到的代謝通路圖保存下來咯~
到這里，整個代謝通路圖就完成啦，是不是很方便呢？
小編偷偷告訴列位看官，其實KEGG的用途遠不止這些，它還可以生成代謝通路富集分析的結果、差異比較的結果等等……如果想要了解更多KEGG分析的方法，請不要猶豫，第一時間聯系我們派森諾生物哦，我們將為您提供全方位的服務和解答！
