2018-07-03
一般做完轉錄組的基本分析，下一步肯定是對分析數據進行挖掘，后期會經常出現各種各樣的聚類圖需求，今天我們就來詳解一種自己DIY聚類圖的方法，快把技能get起來！
首先來看準備清單：
1、兩款分析軟件的安裝
Cluster 3.0 http://bonsai.hgc.jp/~mdehoon/software/cluster/software.htm
TreeView http://jtreeview.sourceforge.net
樣品的差異基因表達量通過 Cluster 3.0 進行基因間和樣品間的聚類分析，得到的聚類結果通過 TreeView 繪制出來。
2、 輸入文件整理
首先對expression.xlsx表格進行整理，原表示例如下：
將表格只保留gene-id 和樣本的rpkm列，并將CK1：rpkm改為只有樣品名CK1，示例如下：
從修改好的表格中篩選需要進行聚類的目的基因，比如挑選9個基因，得到最終表格如下：
新建一個txt文本文件，將目的表格中的數據粘貼到txt中，比如命名為1.txt，示例如下：
這時輸入文件就整理好啦，下面就進入正經的分析步驟，這時候小本本可以拿出來了：
分析步驟：
Cluster分析
將1.txt文件保存后，導入下載的 Cluster 3.0 軟件中，可以看到中間有個橫條：
第一個Filter Data點擊后的內容，不做任何選擇，第二個adjust data更改如下，選完后，點擊apply鍵。
第三個是聚類的方法hierarchical，操作如下，選擇后點擊complete鍵：
這些操作完成后會形成3個文件：
┃ ├───1.cdt 聚類分析文件
┃ ├───1.gtr 聚類分析基因樹文件
┃ └───1.atr 聚類分析樣品樹文件
cdt是用來用TreeView顯示聚類樹圖的，其他文件都可以用文本或者寫字板，或者表格等形式打開，一般比較大的打不開的文件，可以下載editplus軟件來進行打開。
TreeView編輯圖像
打開TreeView，點開file，open打開上一步生成的1.cdt
結果顯示如下：
打開最上面工具條里的settings，選擇Pixel settings，設置如下：
設置好后，點close，然后點開工具條中的Export, 選擇save tree image，設置如下：
點擊save之后會保存圖片，結果展示如下，右側是樣本名，下方是基因名：
如果只展示樣本名，再上一步export的設置中，如圖所示，gene headers 中的gene -id不選擇：
然后save結果就會只顯示樣品名：
最后點開Export，選擇export Colorbar to image，設置如下：
點擊save之后會出現Colorbar圖片，整合圖片后，即為聚類結果
心動不如行動，需要聚類圖的你趕緊DIY起來吧！
文案：轉錄調控事業部
