2018-05-22
派森諾轉錄組致力于科技服務的產品豐富且專業，產品在豐富的同時也有細致劃分。今天帶大家來了解一下對于無參考基因組的物種，比較轉錄組和無參轉錄組的區別。
區別：
1、分析目的不同：
無參轉錄組測序：利用高通量測序技術進行cDNA測序，全面快速地獲取某一種特定器官或組織在某一狀態下的幾乎所有轉錄本。根據將不同組的unigene進行比較，得到差異基因進行分析。
比較轉錄組測序：是基于高通量測序平臺，通過RNA-seq技術手段研究物種進化，通過不同物種或亞種間mRNA序列差異進而分析近源物種間的親緣關系，挖掘明顯受到正向選擇或負向選擇的基因。適用于同一物種不同遺傳背景品系（不同亞種、野生種、栽培種）。
2、拼接方式不同：
無參轉錄組要求樣品是相同物種，拼接時所有樣品的reads在一起拼接成unigene當做背景，然后進行命名和注釋。
比較轉錄組的樣品是不同種，因此拼接時將每組樣品的reads在分開拼接，然后分別進行命名和注釋。這樣就無法對不同組的樣品進行差異基因的比較。
3、分析內容不同：
無參轉錄組分析內容：
比較轉錄組分析內容 ：
無參轉錄組可以做差異基因的表達量分析，而比較轉錄組由于是不同物種，unigene是分開拼接的原因，無法統計表達量。原因是測序后的reads會通過軟件拼接成unigene，在此過程中，由于拼接方式不同，我們是先對拼接好的unigene進行命名，然后做接下來的分析，因此導致相同基因在不同物種中命名不一致，或者命名相同的基因實質上不是同一個基因。所以無法做差異基因表達量的統計。
如果研究的生物沒有基因組信息，建議不要將不同品系，甚至不同種的生物在一起拼接當做無參轉錄組測序分析。
