2018-05-17
2018年1月1日起，微生物系統分類的國際權威《International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology》在其官網發布新聞“Genome sequencing data required with Taxonomic Descriptions”，國際系統與進化微生物學雜志(IJSEM)要求作者提供基因組測序數據，并在分類學描述中提供新的分類單元的描述。
新的分類單元確定常用的方法主要有DNA-DNA雜交(簡稱DDH)，16S rRNA鑒定以及ANI分析。但DDH分析復雜耗時，16S rRNA 鑒定存在局限性（如某些物種的16S rRNA相似度高達99%，但DDH值卻很低），因此ANI分析逐漸受到科研工作者的青睞。
ANI分析全稱Average nucleotide identity，即平均核苷酸多態性，主要用于在全基因組水平間評估物種間的親緣關系，ANI值為95%被視為界定種的標準。
ANI值的計算主要由幾種不同的方法實現，Jspecies是其中較常被使用的一種，Jspecies主要有軟件版和在線版。今天小編主要給大家介紹的就是用于計算ANI值的一個快速且易于使用的在線網站JspeciesWS（http://jspecies.ribohost.com/jspeciesws/），通過計算ANI值判斷兩個或多個基因組是否屬于同一物種。JspeciesWS的基因組數據庫取自ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/genbank，類似于NCBI的基因組序列數據，包含了組裝基因組序列及其相關注釋數據。對于每個條目，網站提供該領域的界、門、綱、目、科、屬和種的分類學信息。
下面就由小編帶領大家來一探究竟吧！
1、JSpeciesWS不需要用戶注冊，界面友好。點擊Start a Analysis即可開始分析。
2、點擊開始后，會鏈接到一個“Genome cart””會話框。
“Genome cart””會話框中用戶可以上傳自己測得的基因組序列或直接從JSpeciesWS參考數據庫“GenomesDB”中添加基因組序列?！癎enome cart””會話框中在閑置14天后自動失效（不會根據提供的會話代碼重新訪問），并且所有數據都將被刪除。目前“Genome cart””會話框的基因組數量限制為15。
3、一鍵完成ANI值計算
網站可一鍵完成“Genome cart””會話框中所有基因組之間成對的ANIb，ANIm計算。
以對3條序列進行的ANIb計算為例，點擊“start ANIb”之后，需選擇成對分析的計算方式：
l “All vs all”即分別以sequence1，2，3為參考基因組與另外兩個序列進行成對分析，分析次數為“6”；
l “Sequence1.fasta”即以Sequence1為參考基因組。
開始分析后，狀態字段會定期更新，最終用戶會通過彈出消息通知計算完成，也可提供電子郵件地址以獲得有關完成計算的信息。
以15個基因組為例，對其基因組全部兩兩比較（210次計算），采用目前的系統，計算ANIb約2小時，計算ANIm的約30分鐘。所有結果都可以重新訪問、導出以供進一步處理，并在用戶之間共享。
JspeciesWS代表了JSpecies在可用性、靈活性和效率方面的新發展。想要使用JSpecies又懶得安裝軟件的童鞋們快來試試吧！
