2018-05-15
維恩圖：也叫文氏圖，韋恩圖，用于顯示元素集合重疊區域的圖示。是不是不太容易理解？沒關系，讓我們用轉錄組測序結果來舉例說明。
某高校老師設計實驗如下：
處理類型 | 對照組 | 高溫組 | 高鹽組 |
對照組 | 1 | 2 | |
高溫組 | 1 | 3 | |
高鹽組 | 2 | 3 |
得到差異基因集合如下：
差異基因集合 | 差異基因ID |
1 | ABCDEFG |
2 | CDFGILKPW |
3 | ABCDJKM |
現在問題來了，如何知道哪些基因同時響應了高溫和高鹽脅迫呢？我們只需要明確差異基因集合1和2中有哪些基因是共有基因即可。Dangdangdang~~~此時就需要維恩圖上場啦！方法有三種：
1. 用肉眼歸類，找出集合1和集合2共有差異基因和特有基因；缺點的：這個策略僅僅對個位數的基因數有效，一旦差異基因達到幾十，幾百，估計是要頭暈眼花了，而且出錯的概率也會大大增加。
2. 使用R包，例如 VennDiagram，繪制維恩圖；缺點：可以繪圖，但是無法輸出維恩圖各個部分的基因ID的列表。
3. 編程統計，并繪圖；缺點：閱讀完一本perl語言入門，學會哈希的使用并編寫腳本分析，這個時間至少要耗費數個星期，數月也是有可能的。
下面要說的是一種可以避開上述所有難處、缺點和不足的維恩圖制作方法。
1. 打開venny制作網站http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/
2. 將集合1的差異基因ID復制到list1中，將集合2的差異基因ID復制到list2中，即可得知集合1和集合2共有和特有差異基因的數目。
3.如果想知道具體共有或者特有的基因對應的ID，很簡單，只需要用鼠標輕輕點擊一下維恩圖中特定的數字，然后就可以看到result中會出現維恩圖中特定區域對應的基因ID。
現在還有很多在線網站可以讓各位老師和同學自己動手DIY維恩圖，例如：
http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/
http://www.biovenn.nl/index.php
http://www.cmbi.ru.nl/cdd/biovenn/index.php
各家網站做出來的維恩圖外觀可能會和老師心里的維恩圖長得不太一樣，這個時候不用擔心，我們已經獲得了共有和特有基因統計結果，只需結合各種畫圖軟件（AI，PS或者PPT），想怎么畫就怎么畫，隨意打造我們自己心目中的維恩圖。
