利用Illumina Long-read測(cè)序技術(shù)對(duì)人和小鼠腦組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
2015-08-11
近日，斯坦福大學(xué)教授Michael P Snyder和他的團(tuán)隊(duì)利用Illumina HiSeq平臺(tái)的Long-read測(cè)序技術(shù)成功對(duì)人和小鼠的腦組織完成轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。研究成果發(fā)表在Nature Biotechnology雜志（IF: 41.514）上。
Michael P Snyder教授和他的團(tuán)隊(duì)的研究成果為利用Illumina平臺(tái)的Long-read測(cè)序技術(shù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的文章，具有重大意義。
作者將Long-read測(cè)序的結(jié)果同先前的PacBio平臺(tái)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果進(jìn)行比較，發(fā)現(xiàn)Long-read平臺(tái)在測(cè)序時(shí)5‘端的堿基錯(cuò)誤率低于PacBio平臺(tái)的結(jié)果。
作者將本文的Long-read測(cè)序平臺(tái)得到的平均讀長(zhǎng)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，人腦樣本的RNA平均長(zhǎng)度為1,906bp，小鼠腦樣本的RNA平均長(zhǎng)度為1,849bp，均高于之前文章中利用PacBio平臺(tái)對(duì)人轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序長(zhǎng)度。
此外，作者對(duì)測(cè)序結(jié)果中的同源異構(gòu)體（isoform）做了分析，發(fā)現(xiàn)較多新的同源異構(gòu)體，并對(duì)新的同源異構(gòu)體在編碼基因、lncRNA、假基因中的分布做了統(tǒng)計(jì)。對(duì)某些特定基因的同源異構(gòu)體進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)存在內(nèi)含子保留事件和長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本的外顯子跳躍事件。
最后，對(duì)交替外顯子的分子關(guān)聯(lián)做了分析，包括不同F(xiàn)DR值條件下的特有遠(yuǎn)端交替外顯子的數(shù)量進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，以及對(duì)人和小鼠的遠(yuǎn)端分子關(guān)聯(lián)外顯子的保守性進(jìn)行了分析。
與現(xiàn)有的Illumina、PacBio平臺(tái)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)相比，Illumina long-read測(cè)序技術(shù)兼顧Illumina的測(cè)序深度大、PacBio平臺(tái)讀長(zhǎng)長(zhǎng)的特點(diǎn)，保證了表達(dá)量的正確性和轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)的正確性，為轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究提供了更為可靠的技術(shù)手段。
派森諾生物市場(chǎng)部整理
原文檢索：
Hagen Tilgner, Fereshteh Jahanbani, Tim Blauwkamp et al. Comprehensive transcriptome analysis using synthetic long-read sequencing reveals molecular co-association of distant splicing events. Nature Biotechnology 33, 736–742 (2015) doi:10.1038/nbt.3242
