2015-01-27
簡介：派森諾生物與上海交通大學孟和教授課題組攜手合作，通過 Illumina HiSeq2000 高通量測序平臺，應用限制性酶切位點關聯DNA測序技術（RAD-seq），對16種中外雞品系共72個個體進行了簡化基因組測序，并對單核苷酸多態性（SNP）的豐富程度進行了統計和分析。通過此次研究，在原有的SNP基礎上又發現一些新的SNP位點，并通過對SNP的統計計算出16個雞品系的遺傳多樣性水平。
派森諾生物與上海交通大學孟和教授課題組攜手合作，應用簡化基因組測序方法，對16種中外雞品系的遺傳多樣性水平進行了研究。作者翟正曉和通訊作者孟和教授關于雞簡化基因組測序的研究成果《SNP discovery and genotyping using restriction-site-associated DNA sequencing in chickens》于2015年1月發表在《Animal Genetics》上。
研究人員以13個本土雞品系和3個外來雞品系共72個個體為研究對象，利用Illumina HiSeq2000高通量測序平臺，運用簡化基因組測序方法，選擇HindIII作為限制性內切酶。對測序結果進行統計，發現每個個體產生的標簽數在166006～629470之間，平均數據量為620M。利用STACKS軟件進行SNP calling ，樣本得到的平均SNPs數目為75587個，通過與NCBI dbSNP比對，其中有15404個SNPs是新發現的突變位點。
本研究在家禽動物-雞中利用簡化基因組測序的方法進行遺傳方面的研究，驗證了該方法用于家禽動物遺傳分析的可行性，并為分子標記輔助育種奠定基礎。同時，此次研究結果也為其他農用牲畜在分子遺傳方面的分析提供了參考依據。本研究的高通量測序和信息分析由上海派森諾生物科技有限公司協助完成。
原文索引：
[Zhai Z, Zhao W, He C, et al. SNP discovery and genotyping using restriction‐site‐associated DNA sequencing in chickens[J]. Animal Genetics, 2014.]
文章鏈接：http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/age.12250/full
