2015-03-04
派森諾生物與上海交通大學孟和教授領銜的團隊攜手合作，應用高通量測序的方法和宏基因組分析手段對豬腸道微生物中的構成進行了測序和分析。文章采用獨特的視角，比較了來自于豬糞便中的微生物和豬不同腸段中的微生物的組成情況，并預測了微生物的功能。研究成果《The Dynamic Distribution of Porcine Microbiota across Different Ages and Gastrointestinal Tract Segments》于2015年2月發表在Plos one上。
研究人員以10頭白豬為研究對象，通過收集其不同年齡段（1月齡、2月齡、3月齡和6月齡）的糞便樣本以及6月豬的不同腸段（空腸、回腸、盲腸和結腸）的內容物樣本，共80個樣本，采用llumima Miseq平臺，對80個樣本的16S DNA V4區進行深度測序。分析結果表明， 成年豬（2月齡、3月齡和6月齡）的豬腸道微生物與1月齡豬相比，其中厚壁菌門比上擬桿菌門的比例高10倍。隨著豬的生長，在糞便中，微生物的組成也逐漸趨于穩定。在2月齡、3月齡和6月齡豬的小腸（空腸和回腸）和大腸（盲腸和結腸）內容物中，微生物構成有很大不同，在小腸中的優勢菌屬是需氧菌或兼性厭氧微生物，然而，在大腸中的優勢菌屬全部是厭氧微生物。同胃腸段相比，在糞便中的微生物組成有很大差異，和小腸相比，大腸微生物的構成和糞便微生物的組成更接近，大腸微生物和小腸微生物構成和糞便微生物相似度分別為0.75和0.38。根據宏基因組菌群構成對其功能進行預測，結果表明在大腸中，與代謝途徑，代謝類疾病相關的功能所占比例比較高；而在小腸中，傳染類疾病，免疫功能疾病以及與癌癥相關的功能所占比例更加豐富。與腸道內容物相比，糞便微生物在代謝途徑中的功能比較豐富。
本研究結果有利于人們理解在豬成長過程中微生物動態轉移的情況，而且也確定了在成年豬中，不同的胃腸道段細菌群落的分布情況。
原文索引
Wenjing Zhao, Yapeng Wang, Shuyun Liu, Jiaojiao Huang, Zhengxiao Zhai, Chuan He, Jinmei Ding, Jun Wang, Huijuan Wang, Weibing Fan, Jianguo Zhao,He Meng. The Dynamic Distribution of Porcine Microbiota across Different Ages and Gastrointestinal Tract Segments. PLos one,2015,10(2): e0117441.
原文鏈接
http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0117441
