2015-11-05
胡蘿卜(Daucus carrot)，又稱甘荀，傘形科胡蘿卜屬二年生草本植物。其肉質根作蔬菜食用。胡蘿卜原產亞洲西南部，現分布于各地，中國南北方都有栽培，產量占根菜類的第二位。胡蘿卜富含維生素A，能防治夜盲癥和呼吸道疾病，可抗癌。
目前，關于胡蘿卜的生理特征的研究較為深入，但關于胡蘿卜根生長發育過程的分子機制的研究還較少。
南京農業大學熊愛生老師和他的團隊應用轉錄組測序方法，對胡蘿卜根的四個發育階段進行轉錄組測序并進行基因轉錄水平的研究，為胡蘿卜根的生長的研究提供了有價值的參考信息。研究人員熊愛生等關于胡蘿卜根轉錄組測序的研究成果《Sequencing, assembly, annotation, and gene expression: novel insights into the hormonal control of carrot root development revealed by a high?throughput transcriptome》 于近期發表在《Mol Genet Genomics》（影響因子2.728）上。轉錄組測序及分析工作由上海派森諾生物科技股份有限公司協助完成。
以前的研究表明激素調節是根生長不可缺少的因素，胡蘿卜的根是可食用的蔬菜并具有很高的營養價值，但是胡蘿卜根的生長是否經歷了激素介導，目前還沒有很系統的研究。本研究利用Illumina HiSeq平臺對胡蘿卜四個不同的發育階段的根進行了轉錄組測序 ，共獲得了32,716 unigenes（平均長度為1,453 bp）。共發現了4,818 unigenes存在表達差異，其中87個基因與激素相關。研究結果表明植物激素具有調節胡蘿卜根的功能，本研究的結果為胡蘿卜根的生長的研究提供了重要價值。也進一步表明了利用Illumina HiSeq平臺可以快速而有效地獲取胡蘿卜根的轉錄本信息，為胡蘿卜根的發育機制的研究提供基礎 。
研究流程：
部分研究結果：
原文索引：
Wang, G. L., Jia, X. L., Xu, Z. S., Wang, F. & Xiong, A. S. Sequencing, assembly, annotation, and gene expression: novel insights into the hormonal control of carrot root development revealed by a high-throughput transcriptome. Mol Genet Genomics290, 1379-1391, doi:10.1007/s00438-015-0999-5 (2015)
本文由市場部RNA-seq團隊整理
