2015-11-17
簡介：
武昌魚（Megalobrama amblycephala），又名團頭魴，原產于湖北鄂州，為重要淡水經濟魚類；武昌魚對生長環境的含氧量要求較高，對氧量敏感；之前沒有通過轉錄組測序分析武昌魚生長與氧量關系的報道，與氧量變化相關的基因的報道也較少。上海海洋大學教授鄒曙明博士和他的團隊對生長速度不同的兩個家系武昌魚經過缺氧處理，提取肝臟和鰓兩個組織樣本進行轉錄組測序，分析不同樣本間的差異表達基因，推斷快速生長的武昌魚在缺氧條件下，具有復雜的多基因調控機制。該研究成果Transcriptome Analysis of Blunt Snout Bream (Megalobrama amblycephala) Reveals Putative Differential Expression Genes Related to Growth and Hypoxia于2015年11月10日發表在PLoS ONE（影響因子3.234）雜志上。武昌魚的轉錄組測序及信息分析工作，由上海派森諾生物科技股份有限公司完成，這也是派森諾生物繼兩篇比目魚轉錄組測序后的第三篇魚類轉錄組測序文章。
方法：
對快速和慢速生長的武昌魚家系分別進行缺氧和常氧處理，取肝臟和鰓進行轉錄組測序
樣本量：
8個樣本
測序平臺：
Illumina HiSeq 2000平臺
分析內容：
共有基因和特有基因分析
基因表達差異分析
聚類分析
eggNOG注釋
KEGG注釋
qPCR驗證
結果：
共得到185M 高質量reads，465,582 contigs和237,172 transcripts，將31,338 transcripts注釋到104個功能組中，包括45個KEGG代謝通路。找到與含氧量和生長速度相關的差異基因并確定數量。本研究為進一步開展武昌魚在缺氧環境下的生長提供分子生物學基礎，也為水產養殖品種的篩選提供參考和依據。
結果展示：
圖1 eggNOG基因功能注釋
圖2 KEGG基因功能注釋
圖3 聚類分析及基因表達差異分析
圖4 共有基因和特有基因分析
圖5 qPCR驗證
參考文獻：
Li F, Chen J, Jiang X, Zou S. Transcriptome Analysis of Blunt Snout Bream (Megalobrama amblycephala) Reveals Putative Differential Expression Genes Related to Growth and Hypoxia. PLoS ONE. 2015; 10(11): e0142801. doi:10.1371/journal.pone.0142801
本文由王智健博士整理
