2015-11-23
簡介：
青海湖裸鯉（Gymnocypris przewalskii）為青海省重要經濟魚類，其野生種遭受過度捕撈，人工養殖種易受各種病原體侵染。為闡明青海湖裸鯉的免疫機制，中國科學院西北高原生物研究所趙凱研究員和他的團隊對來自青海湖的三條平均體重在25.2g的青海湖裸鯉進行解剖，取免疫器官腎臟和鰓的組織樣本進行轉錄組測序。
測序共得到158,087 unigenes，其中2,687 unigenes為鰓特有的，3,215 unigenes為腎臟特有；進一步的分析表明，許多同源序列共調于已知的免疫相關基因，有56,270 unigenes注釋到特定通路上，能比對到大量的免疫相關的通路。此外，作者發現幾種基因和基因家族在toll-like受體信號通路參與先天免疫，包括toll-like受體(TLRs)，干擾素調節因子(IRFs)，白細胞介素(ILs)和腫瘤壞死因子(TNFs)。青海湖裸鯉的系統發生分析顯示這些基因大多接近斑馬魚；最終共檢測到23,867個SSR分子標記。
綜上所述，本研究不僅提供大量青海湖裸鯉免疫力的候選基因，同時也有助于提高對高原魚類免疫遺傳學基礎和免疫相關基因和基因家族的進化歷史的理解。該研究成果Transcriptome pro?ling analysis of naked carp (Gymnocypris przewalskii) provides insights into the immune-related genes in highland ?sh于2015年6月24日發表在Fish & Shellfish Immunology（影響因子2.674）雜志上。
青海湖裸鯉的轉錄組測序及信息分析工作，由上海派森諾生物科技股份有限公司完成，這也是派森諾生物繼兩篇比目魚轉錄組測序、一篇武昌魚轉錄組后的第四篇魚類轉錄組測序文章。
方法：
對來自青海湖的三條平均體重在25.2g的青海湖裸鯉進行解剖，取腎臟和鰓的組織樣本進行轉錄組測序
樣本量：
6個樣本
測序平臺：
Illumina HiSeq 2000平臺
分析內容：
共有基因和特有基因分析
基因表達差異分析
聚類分析
eggNOG注釋
KEGG注釋
qPCR驗證
結果展示：
圖1 Unigenes的長度分布
圖2 GO、COG基因功能注釋
圖3 基因表達差異及代謝通路分析
圖4 先天免疫及TLR信號通路分析
參考文獻：
Chao Tong, Cunfang Zhang. Transcriptome profiling analysis of naked carp (Gymnocypris przewalskii) provides insights into the immune-related genes in highland fish. Fish & Shellfish Immunology 46 (2015) 366-377.
本文由派森諾生物技術支持 徐寧寧整理
