2015-11-30
鱖魚（Siniperca chuatsi）為重要的經濟魚類，是分布很廣的淡水魚類。鱖魚易受病毒侵染，嚴重影響鱖魚的產量及經濟價值。為闡明鱖魚的感病機理及免疫機制，華中農業大學林蠡教授和他的團隊應用轉錄組從頭測序方法，對未感染和感染傳染性脾腎壞死病毒（ISKNV）24h和72h的鱖魚腦細胞進行了基因轉錄水平的研究，結果為ISKNV致病的機制提供了新的見解。研究成果Transcriptomic analysis of Mandarin ?sh brain cells infected with infectious spleen and kidney necrosis virus with an emphasis on retinoic acid-inducible gene 1-like receptors and apoptosis pathways 于近期發表在Fish & Shellfish Immunology（影響因子2.674）雜志上。鱖魚的轉錄組測序及信息分析工作，由上海派森諾生物科技股份有限公司完成，這也是派森諾生物繼兩篇比目魚轉錄組測序、一篇武昌魚轉錄組測序、一篇青海湖裸鯉轉錄組測序后的第五篇魚類轉錄組測序文章。
研究人員以未感染和感染了傳染性脾腎壞死病毒的鱖魚為研究對象，利用Illumina HiSeq 2000平臺對鱖魚腦細胞進行轉錄組測序分析。共獲得了96,206,040條高質量的reads，經過軟件拼接組裝，得到了 66,787 個unigenes 。感染病毒24h和72 h后的樣本與未感染病毒的腦細胞樣本相比，分別有10834和7584個基因差異表達，其中包括上調基因5445和3766個，下調基因5389和3818個。另外，研究通過qPCR實驗驗證了12個差異表達基因，這些差異表達基因參與了許多病毒發病機理的路徑。
對這些主要的差異表達基因的RLRs通路和細胞凋亡通路進行進一步分析結果顯示：RLRs通路中ISKNV感染會通過高表達IKKB-α和IKKB-β以及低表達與激酶4(IRAK4)受體關聯的白細胞介素-1抑制NF-kB的活性；細胞凋亡通路中ISKNV感染主要是通過腫瘤壞死因子(TNF)介導的外源途徑誘導細胞凋亡。這些結果為ISKNV致病的機制提供了新的見解；同時該研究獲得了大量的表達差異的unigenes，說明利用Illumina HiSeq 2000平臺可以快速而有效地獲取鱖魚腦細胞的轉錄本信息。
分析結果展示：
圖1 GO基因功能注釋
圖2 COG基因功能注釋
圖3 表達差異基因GO富集分析
圖4 qPCR驗證
原文索引：Hu X, Fu X, Li N, et al. Transcriptomic analysis of Mandarin fish brain cells infected with infectious spleen and kidney necrosis virus with an emphasis on retinoic acid-inducible gene 1-like receptors and apoptosis pathways[J]. Fish & Shellfish Immunology, 2015, 45:619–629. doi:10.1016/j.fsi.2015.05.007
文章鏈接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25982401
本文由派森諾RNA-Seq團隊喬慧瑩整理
