2015-12-28
? 簡介
β-二酮類抗生素（DKAs）被廣泛用于人類和動物疾病的治療和預(yù)防，但它的殘留物會導(dǎo)致嚴(yán)重的環(huán)境生物學(xué)效應(yīng)，并具有很強(qiáng)的遺傳毒性，如DNA損傷。以前的分子毒物學(xué)研究主要針對單個基因的表達(dá)水平，在轉(zhuǎn)錄組水平對β-二酮類抗生素處理后的斑馬魚基因表達(dá)量變化的研究還不多。為探討斑馬魚受β-二酮類抗生素脅迫后生長發(fā)育的影響，溫州醫(yī)科大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院王慧利老師和她的團(tuán)隊(duì)將斑馬魚胚胎暴露在β-二酮類抗生素中6天，并用未處理的樣品作為對照。斑馬魚幼體孵化90天后，提取斑馬魚全部RNA進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序。 結(jié)果顯示β-二酮類抗生素處理后實(shí)驗(yàn)組和對照組分別共檢測到23550和23129個基因，其中3238個基因有差異表達(dá)，328個基因表達(dá)出現(xiàn)明顯差異。
此外，他們還對這些差異基因進(jìn)行GO分類和KEGG通路富集分析，發(fā)現(xiàn)77個差異表達(dá)基因注釋到132個KEGG代謝通路上，并找到與肝組織損傷所對應(yīng)的差異表達(dá)基因。 該研究成果Chronic Toxicological Effects ofb-Diketone Antibiotics on Zebrafish (Danio rerio) Using Transcriptome Profiling of Deep Sequencing于近日發(fā)表在Environmental Toxicology（影響因子3.197）雜志上。斑馬魚的轉(zhuǎn)錄組測序及信息分析工作，由上海派森諾生物科技股份有限公司完成，這也是派森諾生物繼武昌魚轉(zhuǎn)錄組、青海裸魚轉(zhuǎn)錄組測序、南極冰魚轉(zhuǎn)錄組測序、鱖魚轉(zhuǎn)錄組和兩篇比目魚轉(zhuǎn)錄組測序后的第七篇魚類轉(zhuǎn)錄組測序文章。
? 實(shí)驗(yàn)方法
對斑馬魚進(jìn)行β-二酮類抗生素處理，未處理組作為對照，取斑馬魚幼體提取RNA進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序
? 樣本量
2個樣本
? 測序平臺
Illumina Miseq平臺
? 分析內(nèi)容
1. Unigene統(tǒng)計
2. 基因表達(dá)差異分析
3. GO注釋
4. KEGG代謝通路分析
5. qPCR驗(yàn)證
6. 肝臟組織病理學(xué)分析
? 結(jié)果展示
圖1. 斑馬魚轉(zhuǎn)錄組測序轉(zhuǎn)錄本豐度統(tǒng)計
圖2.斑馬魚轉(zhuǎn)錄組測序GO基因功能注釋
圖3. 斑馬魚轉(zhuǎn)錄組測序Notch信號通路分析
? 參考文獻(xiàn)
Wang H, Xiaohan Yin, Li F, et al. Chronic toxicological effects of β-diketone antibiotics on Zebrafish ( Danio rerio ) using transcriptome profiling of deep sequencing[J]. Environmental Toxicology, 2015.
本文由派森諾RNA-Seq技術(shù)支持馬培培整理
