2016-01-29
簡介
中華絨螯蟹（Eriocheir sinensis）是一種經濟蟹類，又稱河蟹、毛蟹、清水蟹、大閘蟹，為中國久負盛名的美食。中國境內廣泛分布于南北沿海各地湖泊，其中以長江水系產量較大，蟹中含有較多的維生素A，對皮膚的角化有幫助；對兒童的佝僂病，老年人的骨質疏松也能起到補充鈣質的作用。中華絨螯蟹中性別偏好基因在雌雄個體中基因表達存在差異，為了探索蟹的性別偏向型基因表達，對雌雄個體的中華絨螯蟹進行轉錄組測序，探究性別偏好基因的表達差異，探討兩性異形的分子機制。
以中華絨螯蟹為例的海洋生物轉錄組測序的情況是怎么樣的呢？中科院海洋研究所的劉媛教授和她的團隊對雌雄中華絨螯蟹的樣本進行轉錄組測序，結果共驗證148個性別相關基因，檢測到29個性別決定通路；不同性別的差異表達基因與新陳代謝和免疫相關；并證實某些性別相關基因在雌雄個體中表達存在顯著差異，大多數差異基因參與新陳代謝和免疫等過程，而不是明顯與性功能相關。
免疫通路的差異基因中，雌性個體中18個上調基因由體液免疫因素引起，雄性個體中8個上調的差異基因是在模式識別受體上，這表明免疫防御的性別差異可能存在于中華絨蝥蟹中，本研究將為進一步研究中華絨螯蟹的雌雄異型提供分子機制。該研究成果Comparative Transcriptome Analysis Reveals Sex-Biased Gene Expression in Juvenile Chinese Mitten Crab Eriocheir sinensis于近日發表在PLoS ONE（影響因子3.234）雜志上。
中華絨螯蟹的轉錄組測序及信息分析工作，由上海派森諾生物科技股份有限公司完成，這也是我公司完成的第二篇中華絨螯蟹文章。
方法
雌雄中華絨螯蟹個體
樣本量
2個樣本
測序平臺
Proton平臺
分析內容
1、 SNP分析
2、 GO注釋
3、 特定代謝通路分析
4、 qPCR驗證
結果
共驗證148個性別相關基因，檢測到29個性別決定通路；不同性別的差異表達基因與新陳代謝和免疫相關；并證實某些性別相關基因在雌雄個體中表達存在顯著差異。
部分結果展示
圖1 SNP位點分析
圖2 溶酶體代謝通路基因表達差異分析
圖3差異表達基因GO注釋
Yuan Liu, Min Hui el.Comparative Transcriptome Analysis Reveals Sex-Biased Gene Expression in Juvenile Chinese Mitten Crab Eriocheir sinensis.PLoS One.(2015)1-21.
原文索引
DOI:10.1371/journal.pone.0133068
本文由派森諾技術支持 徐寧寧整理
