2016-02-16
簡介
派森諾生物與南京農業大學李榮教授領銜的團隊攜手合作，應用高通量測序的方法及宏基因組分析手段對連續2年施用抑制香蕉枯萎病的生物肥料的香蕉樹根際土壤中微生物群落的變化情況進行了剖析。讓我們一起來目睹一下香蕉樹根的微生物多樣性是怎么樣的吧！
本篇文章用Roche 454焦磷酸測序研究了生物肥料（BIO），豬糞堆肥（PM），和化學肥料（CF）對根際細菌和真菌群落的影響，并探索微生物群落組成和香蕉枯萎病的潛在關系。研究成果《Rhizosphere microbial community manipulated by 2 years of consecutive biofertilizer application associated with banana Fusarium wilt disease suppression》發表在Biol Fertil Soils上。
實驗目的
研究生物肥料（BIO），豬糞堆肥（PM），和化學肥料（CF）對根際微生物群落的影響，并探索微生物群落組成和香蕉枯萎病的潛在關系。
研究對象
細菌和真菌。
實驗方法
對三種肥料處理研究人員分別收集了相距5m以上的5棵香蕉樹的根際土并混合。對每棵樹從樹干基部0-20cm的深度隨機取樣，從中心獲取根段并合在一起，根段上的土用手輕抖下來，之后根被切成約5cm的小段，放入裝有250ml滅菌水的1L的錐形瓶中搖動30min，4000×g離心10min收集沉淀得到根際土用于提取DNA。
測序平臺
Roche 454 FLX+。
測序區域
16s V4-V5區和ITS 。
實驗結果
1. Acidobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Proteobacteria和Ascomycota是所有樣品中豐度細菌和真菌的門。
2. 與PM和CF對照相比，連續兩年施用BIO后，細菌門的多樣性顯著增加，而真菌多樣性顯著降低。
3. BIO處理組，Acidobacteria，Firmicutes, Leptosphaeria和Phaeosphaeriopsis 顯著增多，而Proteobacteria 和Ascomycota 顯著減少。
4. BIO 處理中Fusarium（香蕉枯萎病的致病病原體）的豐度與CF相比顯著降低，與PM相比略有下降 。
5. 香蕉枯萎病的發生率與Acidobacteria (Gp1 and Gp3)，Firmicutes, Leptosphaeria和 Phaeosphaeriopsis這些類群的豐度負相關，但是與Proteobacteria, Ascomycota, Fusarium, Cylindrocarpon, Gymnascella, Monographella, Pochonia和Sakaguchia類群的豐度正相關。
實驗結論
連續兩年施用生物肥料影響根際微生物組成，通過增加細菌多樣性和促進Acidobacteria (Gp1 and Gp3), Firmicutes, Leptosphaeria和Phaeosphaeriopsis 等的含量抑制Fusarium（香蕉枯萎病的致病病原體）的種群含量。
部分結果展示
