2016-02-24
簡介
大黃魚（Larimichthys crocea）是中國南部海洋經濟魚類之一。隨著水產養殖業的迅速發展，大黃魚遭受帶有纖毛的體外寄生蟲—海水白點蟲的感染日益嚴重。因此，了解大黃魚寄主防御海水白點蟲的機制是迫切和必不可少的。
在目前的研究中，已經實現了基于轉錄組水平分析大黃魚體內的海水白點蟲對寄主的影響，中國水產科學研究院東海水產研究所的尹飛副研究員和他的團隊通過取三條不同處理大黃魚（A為對照，B、C為不同濃度處理）的免疫相關組織樣品進行測序，分別得到15,826,911, 16,462,921,和15,625,433條clean reads，拼接總共得到30,509個unigenes。B/A, C/A, and C/B 之間兩兩比較發現分別有972、900和1126個差異基因。 對差異基因中與免疫相關基因的統計發現， B/A 兩兩比較有48個差異基因，其中B中26個上調基因和22個下調基因；C/A兩兩比較發現C中7個上調基因和32個下調基因；C/B 兩組中C中11個基因表達上調，29個基因表達下調。用非致死濃度的海水白點蟲感染后發現凝血和纖溶系統處于高度活躍狀態；在感染早期階段補體旁路可能發揮了重要作用。這些結果表明，低濃度的感染可以顯著誘導魚類免疫學反應，然而，若魚類處在致命的濃度下時，免疫力則被抑制。
該研究成果Transcriptome and analysis on the complement and coagulation cascades pathway of large yellow croaker (Larimichthys crocea) to ciliate ectoparasite Cryptocaryon irritans infection于2016年1月19日發表在Fish and Shellfish Immunology（影響因子2.674）雜志上。大黃魚的轉錄組測序及信息分析工作，由上海派森諾生物科技股份有限公司完成，這也是派森諾生物第八篇魚類轉錄組測序文章。
實驗方法
對大黃魚分別進行不同寄生蟲濃度處理，取脾臟、腎臟、肝臟和鰓、魚皮進行轉錄組測序。
樣本量
3個樣本
測序平臺
Illumina MiSeq 平臺
分析內容
共有基因和特有基因分析
基因表達差異分析
eggNOG注釋
KEGG注釋
qPCR驗證
實驗結果
三個樣品分別得到15,826,911, 16,462,921, and 15,625,433條clean reads，拼接總共得到30509個unigenes，B/A，C/A，and C/B 之間兩兩比較發現分別有 972, 900, 和 1126 個差異基因。
結果表明，低濃度的感染可以顯著誘導魚類免疫學反應，然而，若魚類處在致命的濃度下時，免疫力則被抑制。為獲得更多寄生蟲與宿主之間相互作用的信息提供分子生物學基礎，也為水產養殖業提供參考和依據。
結果展示
圖1 eggNOG基因功能注釋
圖2 差異基因的GO富集分析
圖3 火山圖和MA圖
圖4 差異基因的KEGG富集分析
參考文獻
Fei Yin, Quanxin Gao, el. Transcriptome and analysis on the complement and coagulation cascades pathway of large yellow croaker (Larimichthys crocea) to ciliate ectoparasite Cryptocaryon irritans infection. Fish and Shellfish Immunology. 2016: 1-15
DOI: 10.1016/j.fsi.2016.01.022
本文由派森諾技術支持徐寧寧整理
