2017-03-29
紅鰭東方鲀（Takifugu rubripes）為重要的海水養殖經濟魚類，肉質細嫩、味道鮮美，蛋白質含量高，營養含量豐富。地理位置多分布于黃海、渤海和日本海域。是一種可以進行養殖的鲀科魚類中的優良品種。紅鰭東方鲀為研究魚類受精、性別決定、性發育的經典模式生物。關于紅鰭東方鲀性腺分子機制的報道較少，尚未通過組學的手段對性腺的分子機制進行研究。
今年2月，大連海洋大學仇雪梅教授課題組在Comparative Biochemistry and Physiology, Part D雜志發表一篇題為Comparative RNA-Seq analysis of differentially expressed genes in the testis and ovary of Takifugu rubripes的文章，通過轉錄組學的方法，探討性腺發育的分子機制。
1. 研究目的
本文分別對紅鰭東方鲀的精巢和卵巢開展轉錄組學研究，探討紅鰭東方鲀精巢和卵巢的RNA層面的差異，并關注差異表達基因的分子功能。本研究也為紅鰭東方鲀的基因組學數據庫提供了寶貴的資源。
2. 研究方法
分別收集紅鰭東方鲀精巢和卵巢做為供試樣本，各為一組，采用Illumina Nextseq500測序平臺。對經過質量控制的數據首先基因功能注釋，并進行差異表達富集分析，熒光定量PCR驗證及cSNP分析。
3. 分析結果
本研究共有18,523個基因被注釋，精巢和卵巢兩組相比，共有680個差異表達基因。在精巢中，發現556個基因表達量出現顯著上調；在卵巢中，發現124個基因表達量出現顯著上調。GO和KEGG代謝通路分析證實這些差異基因所翻譯的蛋白參與信號轉導和性腺發育。轉錄組測序的基因變化與qPCR的基因變化關系基本一致。在精巢中，作者發現23,879個cSNP位點，卵巢中有55,675個。
該研究轉錄組測序及信息分析工作由上海派森諾生物科技股份有限公司完成。
