2024-11-11
又見面啦，本期小編繼續分享NCBI上傳的相關教程哦，上周小編更新了細菌基因組上傳NCBI的流程，本期小編將分享真菌基因組上傳NCBI的最新版流程，絕對簡單易懂，操作方便，一起動手學起來吧~
基本流程
一、NCBI注冊及上傳
1、注冊網站：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/register/?back_url=http%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fhome%2Fsubmit.shtml&partners-uri=cms:/account/partners
打開NCBI注冊網站，選擇第三方平臺進行注冊登錄
2、進入提交頁面
打開NCBI官網https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，輸入賬號和密碼，點擊網頁上的Submit欄可進入GenBank界面，找到真菌基因組提交欄，點擊進入即可開始本次的提交（或直接點擊https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/genome/進入提交界面）。
具體步驟如下：
3、點擊New submission進入，此步操作可以得到SUB號；
Part 01——單樣本基因組上傳
二、基本信息填寫
1、單個樣本基因組上傳——選擇Single genome，點擊continue；
2、進入SUBMITTER完善個人信息，帶*為必填項，填寫完點擊continue。此處的郵箱不建議使用qq郵箱、163郵箱和foxmail郵箱；
3、General Information信息填寫（此處以未申請BioProject和BioSample號為例，如果已經申請過可以直接將對應的BioProject和BioSample號直接填寫即可）：
（1）BioProject和BioSample處選擇NO，釋放數據日期可根據自己的需要來進行選擇；
（2）組裝和測序信息填寫（組裝軟件及版本可在結題報告附錄-軟件列表查看）：
真菌框架圖項目的組裝軟件：spades，版本v3.12.0
真菌近完成圖項目的組裝軟件：flye，版本v2.9.1；hifiasm，版本v0.18.5
（3）測序深度及測序平臺的選擇:
測序深度=測序數據量/基因組大小；
測序平臺：二代一般為Illumina Novaseq平臺，三代一般為Pacbio/Nanopore平臺（可在結題報告-測序概述部分查看）；
（4）填寫基因組的組裝信息以及是否有關聯的文章，填寫完成后點擊Continue進入下一步；
三、BioProject信息填寫
菌株英文描述（大概100個左右word ）：描述下該菌株進行全基因組測序的目的、意義及用途（工業/農業/醫療等等）等信息(共性\不同)，填寫完成后點擊Continue進入下一步；
四、BioSample信息填寫
1.選擇Microbe，點擊Continue進入下一步；
2.BioSample Attributes:填寫物種拉丁名稱及菌株名；菌株的來源，保存單位（xxx單位分離及分離信息 xxx單位保存或 xxx保藏中心保存）和樣本收集時間；
五、Sequence上傳，信息填寫
1.Files填寫
（1）真菌框架圖和近完成圖組裝的都不是完整的基因組，選擇選項2；
（2）選擇網頁版上傳，并將基因組的scaffold序列全部上傳，如果真菌框架圖項目N數較多的話可以選擇上傳contig序列，基因組序列上傳Assembly\AssemblyResult\*.scaffolds.fna 文件；
（3）AGP文件上傳：該文件在組裝結果文件夾中；
2.填寫作者名字及排序，以及該基因組是否有相關聯的文章，填寫結束后，點擊Continue進入下一步；
六、數據提交
核查已填入的信息是否有誤，有問題的話返回對應的界面進行修改，確認無誤后點擊Submit完成本次NCBI上傳。一般上傳1-2周NCBI會發郵件到郵箱，給出相應的登錄號，這個登錄號可直接用于后續的文章中。
Part 02——多樣本基因組上傳
1.多個樣本基因組上傳——選擇Batch/multiple genomes，點擊continue；
2.個人信息及General Information信息填寫
此部分內容參照Part 01，需要申請BioProject和BioSample號，后續信息填寫會用到
3.Gap信息填寫
4.BioProject General Info
5.Publications
6.Genome Info
(1)填寫基因組信息
（2）組裝和測序信息填寫（組裝軟件及版本可在結題報告附錄-軟件列表查看）
7.選擇網頁版上傳，并將基因組的scaffold序列全部上傳，如果真菌框架圖項目N數較多的話可以選擇上傳contig序列，基因組序列上傳Assembly\AssemblyResult\*.scaffolds.fna 文件；
8.References：填寫作者名字及排序，以及該基因組是否有相關聯的文章，點擊Continue進入下一步；
核查已填入的信息是否有誤，有問題的話返回對應的界面進行修改，確認無誤后點擊Submit完成本次NCBI上傳。一般上傳1-2周NCBI會發郵件到郵箱，給出相應的登錄號，這個登錄號可直接用于后續的文章中。
以上就是真菌基因組數據上傳NCBI的詳細步驟，是不是很簡單？研究真菌基因組的小伙伴們趕快動起你的手指，跟隨小編的步驟練習一下吧！如果大家在上傳過程中有任何疑問，歡迎隨時和我們一起探討，可在文末留言或者郵件交流（[email protected]）。
