2024-10-29
號外~號外~細菌基因組數據NCBI上傳教程更新啦！ 上傳教程千千萬，不如小派這一篇！ 單樣本、多樣本基因組數據上傳全部輕松拿捏~ 咱們廢話不多說，直接上超詳細干貨 基本流程
一、NCBI注冊及上傳
1、注冊網站： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/register/?back_url=http%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fhome%2Fsubmit.shtml&partners-uri=cms:/account/partners 打開NCBI注冊網站，選擇第三方平臺進行注冊登錄 2、進入提交頁面 打開NCBI官網https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，輸入賬號和密碼，點擊網頁上的Submit欄可進入GenBank界面，找到細菌基因組提交欄，點擊進入即可開始本次的提交（或直接點擊https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/genome/進入提交界面）。 具體步驟如下： 3、點擊New submission進入，此步操作可以得到SUB號；
Part 01、單樣本基因組上傳
二、基本信息填寫
1、單個樣本基因組上傳——選擇Single genome，點擊continue； 2、進入SUBMITTER完善個人信息，帶*為必填項，填寫完點擊continue。此處的郵箱不建議使用qq郵箱、163郵箱和foxmail郵箱； 3、General Information信息填寫（此處以未申請BioProject和BioSample號為例，如果已經申請過可以直接將對應的BioProject和BioSample號直接填寫即可）： （1）BioProject和BioSample處選擇NO，釋放數據日期可根據自己的需要來進行選擇； （2）組裝和測序信息填寫（組裝軟件及版本可在結題報告附錄-軟件列表查看）： 細菌框架圖項目的組裝軟件：spades，版本v3.15.4 細菌完成圖項目的組裝軟件：Fyle，版本v2.9.1-b1781；Unicycler，版本 v0.5.0； （3）測序深度及測序平臺的選擇: 測序深度=測序數據量/基因組大小（可在結題報告-二代測序數據過濾部分查看）； 測序平臺：二代一般為Illumina Novaseq平臺，三代一般為Pacbio/Nanopore平臺（可在結題報告-文庫信息部分查看）； （4）填寫基因組的組裝信息以及是否有關聯的文章，填寫完成后點擊Continue進入下一步；
三、BioProject信息填寫
菌株英文描述（大概100個左右word ）：描述下該菌株進行全基因組測序的目的、意義及用途（工業/農業/醫療等等）等信息(共性\不同)，填寫完成后點擊Continue進入下一步；
四、BioSample信息填寫
1.選擇Microbe，點擊Continue進入下一步； 2.BioSample Attributes:填寫物種拉丁名稱及菌株名；菌株的來源，保存單位（xxx單位分離及分離信息 xxx單位保存或 xxx保藏中心保存）和樣本收集時間； 3.source：是否需要NCBI注釋——選擇Yes；
五、Sequence上傳，信息填寫
1.Files：細菌完成圖如果只組裝出一條染色體，沒有質粒可選擇選項1；細菌框架圖組裝出多條scaffold或細菌完成圖組裝出了多條完整的染色體/質?？蛇x擇選項2； 2.選擇網頁版上傳，并將基因組中的染色體和質粒的fasta文件全部上傳（細菌完成圖上傳Assembly文件夾*.fasta文件，細菌框架圖上傳Assembly文件夾*.scaffolds.fna文件），上傳后點擊Continue進入下一步； 3.Assignment：需要確認組裝得到的染色體有幾條、是否含有質粒，染色體和質粒是否為完整的環狀的，以及Sequence ID需要與fasta文件中>后名字一致。在提交質粒信息的時候，質粒的命名為以“P”開頭的名字或者命名為unnamed、unnamed1...... 4.填寫作者名字及排序，以及該基因組是否有相關聯的文章，點擊Continue進入下一步；
六、數據提交
核查已填入的信息是否有誤，有問題的話返回對應的界面進行修改，確認無誤后點擊Submit完成本次NCBI上傳。一般上傳一個星期內NCBI會發郵件到郵箱，給出相應的登錄號，這個登錄號可直接用于后續的文章中。
Part 02、多樣本基因組上傳(針對于細菌框架圖樣本)
1、多個樣本基因組上傳——選擇Batch/multiple genomes，點擊continue； 2、Gap信息填寫 3、BioProject General Info 4、Publications 5、Biosample Type 6、Attributes 7、Genome Info (1)填寫基因組信息 （2）組裝和測序信息填寫（組裝軟件及版本可在結題報告附錄-軟件列表查看） 8、Files：選擇網頁版上傳，并將基因組中的fasta文件全部上傳（細菌完成圖上傳Assembly文件夾*.fasta文件，細菌框架圖上傳Assembly文件夾*.scaffolds.fna文件），上傳后點擊Continue進入下一步； 9、References：填寫作者名字及排序，以及該基因組是否有相關聯的文章，點擊Continue進入下一步； 核查已填入的信息是否有誤，有問題的話返回對應的界面進行修改，確認無誤后點擊Submit完成本次NCBI上傳。一般上傳一個星期內NCBI會發郵件到郵箱，給出相應的登錄號，這個登錄號可直接用于后續的文章中。
以上就是細菌基因組上傳至NCBI的詳細步驟，是不是已經學會了？趕快用自己的數據來試試吧！如果大家在上傳過程中有任何疑問，歡迎隨時和我們一起探討，可在文末留言或者郵件交流（[email protected]）。
