2024-07-22
時光流轉，年復一年。 小派在高通量測序知識與經驗的海洋中茁壯成長的同時，更是積累了滿滿的數據分析與挖掘的筆記與干貨。繼上次給大家分享微生物的重磅干貨之后（微生物組從研究思路到實踐應用的全方位攻略），今天，小派與您再度揚帆起航，開啟一段轉錄組學之旅。 （點擊藍色標題即可跳轉軟文，云平臺視頻需要復制鏈接到瀏覽器打開哦)
一、實驗前的準備：明確目標，整理行囊
當您申請到一個轉錄組課題，或者分配了轉錄組的研究任務時，首要之舉就是確認實驗設計，明確想要達成的結果。也就是整理行囊，確認好旅行的大致目的地。但您是否還苦惱于什么是轉錄組？怎么去研究轉錄組？轉錄組的實驗該如何設計嗎？小派在轉錄組迷霧中為您鋪設了清晰的路徑指引，一起來看看吧！
1、首先小派給您準備好了各式各樣的研究思路與研究領域，總有一種能滿足您需求。
①2022年派森諾轉錄調控文章大盤點 ②2023轉錄調控項目文章大薈萃
③全轉錄組思路解析
https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/f077b8ff58904adbb0bd88d66c09f2ba
④CircRNA 在醫學研究中的應用
https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/8ff1a5a82a134868b51333ede45343c0
⑤轉錄組+代謝組在植物發育中的應用和案例解讀
https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/2b0f3666ee9e4cadab441317af295b98
⑥轉錄組多組學聯合分析思路解讀
轉錄組多組學聯合分析思路解讀1
https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/a484a8be558d445b8b6541cf788840ae
轉錄組多組學聯合分析思路解讀2
https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/251d7b49a5454426bc46e90f7a5b16df
轉錄組多組學聯合分析思路解讀3
https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/44414acc94cf4b589c565a9b0561e13b
2、研究的物種是否有參考基因組是做轉錄組測序之前首先要確認的一個問題，這決定了我們是做有參轉錄組測序還是無參轉錄組測序。不同的項目對應的分析方法不同，接下來在這兩篇文章里給大家詳細的介紹了如何在一些主流數據庫（Ensembl數據庫、NCBI數據庫）和特殊物種的數據庫（UCSC數據庫、JGI基因組數據庫、柑橘類基因組數據庫、 薔薇科基因組數據庫等）找參考基因組。
如何確定物種是否有參考基因組（一） 如何確定物種是否有參考基因組（二）
3、待確定好自己的項目是做有參轉錄組還是無參轉錄組之后就可以準備樣品送檢測序了。測序又涉及一個新的問題，我是建鏈特異性文庫還是非鏈特異性文庫呢？兩者有何區別呢？下面的文章也許能解決您的煩惱。
4、質檢是轉錄組測序的一個關鍵環節，質檢結果的好壞直接影響著測序質量的高低。而質檢報告最難讀懂的部分莫過于膠圖和峰圖，RNA提取是否合格？樣本有無污染？在質檢報告中一般都會體現。
二、數據挖掘階段：享受探索之旅
1、在滿懷欣喜的拿到轉錄組測試結題報告時，有很多初接觸的小伙伴會產生滿腦子的問號？這是什么？我應該怎么看？這么多數據哪個才是重點？以下軟文以及報告解讀視頻將帶您了解轉錄組測序結果，解決您以上的疑問。
真核有參轉錄組云分析解讀
https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/3073962528a071ef80055017e1e90102
原核轉錄組云分析解讀
https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/b050ddc6384071ef80164531959d0102
2、轉錄組測序是出圖的利器，寫文章的話也會涉及很多圖片和分析，這些圖片都有什么含義呢？又該如何使用介紹呢？可以參考下面這篇文章的詳細說明。
圖說轉錄組——啥也別說，你要的都在圖里了！ 【干貨】3分鐘看懂GSEA結果！
3、表達量標準化、相關性和PCA分析、差異分析、火山圖、熱圖、趨勢分析、韋恩圖、富集分析、蛋白互作網絡分析。以上的常見圖片是否也想自己繪制呢？手把手教學讓您秒變分析小能手！！！
干貨分享 | 0生信基礎轉錄組分析大全 【干貨】轉錄組韋恩圖“食用”指南
4、到底選擇Basemean還是FPKM？差異分析，是做轉錄組測序永遠也繞不開的一個話題，而差異分析中用于比較的兩個數值Basemean和FPKM同樣也是大家比較容易混淆的概念。下面兩篇文章從計算方法演示以及概念解讀方面來介紹了他們兩者的區別，還沒弄明白的小伙伴可以猛戳下文學習。
震驚！小伙竟用Excel做差異分析！ 還想用FPKM做差異分析？快醒醒！
5、看懂結果是解讀數據的開始，而如何把結果和最終的課題相關聯才是我們的最終目的，且看這篇文章是如何挖掘關鍵基因的。
6、在挖掘分析的過程中，會發現每個分析版塊的注釋內容都有些許差異，那么怎么才能把它們對應的表達量、差異結果和注釋信息等放到一張表里呢？其實只需要EXCEL表里的一個小小函數（VLOOKUP），就可以輕輕松松幫您把所有的信息整合到一起了。
7、找到關鍵基因，想看其具體轉錄本的表達情況以及mapping可視化？IGV助手來幫您。只需導入參考基因組文件以及bam文件，即可對轉錄組的比對結果進行可視化瀏覽！
8、如果提名哪種作圖方式同時兼顧直觀、美觀、應用范圍廣，網絡圖必須是優質種子選手！無論是蛋白互作分析，或是相關性分析，還是不同組學的關聯分析，網絡圖都隨處可見且舉足輕重。
但是為什么同樣是網絡圖，別人做出來的超凡脫俗，我做出來就丑陋無比？？今天小派就以轉錄組結果中蛋白網絡互作分析（PPI）結果為例，帶你3分鐘快速上手網絡圖繪制，變身網絡圖屆米勒。
【干貨】如何使用cytoscape玩轉網絡圖？（一） 【干貨】如何使用cytoscape玩轉網絡圖？（二） 【干貨】如何使用cytoscape玩轉網絡圖？（三）
9、我們常規拿到的分析結果都是標準分析，有時候不能得到符合我們研究目的的結果，這時候就需要我們進行進一步的分析和篩選。轉錄組云分析是深受大家喜愛的一個產品，在該平臺我們可以隨心所欲的按照需求對樣本進行調整分析，只需“一鍵”。
10、通過轉錄組分析結果和自身專業知識的結合，終于挖出了自己想要的基因集，又想對篩出的基因集做一些表達豐度展示或者功能分析該怎么辦呢？不用著急，派森諾云圖匯為大家提供了輕松處理基因集的一站式平臺。
溫馨提示：圖片只是數據的一種展示形式，圖片的具體意義是由輸入數據的性質所決定的，所以云圖匯有些小工具一樣也適用于其他組學（比如蛋白代謝）。
三、結果驗證與數據上傳：組學之旅收尾
1、分析挖掘完數據，找到了自己關注的hub基因，下一步大多就是要做qPCR驗證。那么問題就來了，有參、無參、CircRNA、LncRNA...？這么多類型我該如何找到它們的驗證序列呢？下方文章詳細講解了轉錄組各個項目的序列查找方法，歡迎有需求的小伙伴點擊查閱。
2、qPCR驗證完了，但是結果總是與預期不太符合，驗證不上就很讓人苦惱了。這篇文章就為大家詳細的分析了出現驗證不上的幾種原因，可以針對這些原因來進行排查糾正。
3、如果想發高分文章，除了qPCR之外，還需要從多個角度對實驗結果進行驗證。對于轉錄組測序后的其他驗證方法，這篇文章也給出了詳細的答案。
4、數據分析和文章撰寫都完成了，接下來就是滿滿的收獲季了。但是不要忘了轉錄組在文章發表前大多都需要上傳數據到相關的數據庫。在此小派也為大家帶來了數據上傳教程，真的是超貼心超詳細的保姆級教程，不怕大家學不會，需要的老師可以點擊下方速速學習~
【干貨】轉錄組原始數據上傳SRA，保姆級超詳細上傳手冊！一看就會！
希望這些干貨滿滿的教程和秘籍助您在轉錄組學的世界里游刃有余。讓我們繼續前行，在轉錄組學的廣闊天地中探索更多的未知，創造更多的可能。探索之旅，永遠在路上！
