2024-07-12
上兩次（【干貨】如何使用cytoscape玩轉(zhuǎn)網(wǎng)絡圖？（一）；【干貨】如何使用cytoscape玩轉(zhuǎn)網(wǎng)絡圖？（二））帶大家了解在cytoscape上PPI網(wǎng)絡的繪制、參數(shù)的調(diào)整、以及MCODE、cytoHubba、iRegulon插件的使用。 由于軟件的更新，插件獲取方法有了改變。今天小派再給大家來介紹插件的獲取以及其它幾個網(wǎng)絡圖的繪制，助大家都能夠玩轉(zhuǎn)cytoscape。 七、插件獲取 cytoscape軟件更新后（3_10后面版本）Apps里的App Manager...替換為了App Store。在App Store里可以方便的查看已安裝的插件，以及對插件進行更新，但新插件的獲取，需要鏈接到網(wǎng)站（App網(wǎng)站：https://apps.cytoscape.org/）下載安裝。備注：網(wǎng)站可能需要科學上網(wǎng)才可以下載app。 cytoscape軟件舊版（3_9_1）、新版（3_10_2）、java（jie）以及之前軟文提到的MCODE、cytoHubba、iRegulon插件獲取如下： 網(wǎng)盤鏈接：https://pan.baidu.com/s/1Jf-OgrzaCulGlA04PO-Ngg?pwd=3ub5 提取碼：3ub5 cytoscape官網(wǎng)下載：https://cytoscape.org/ java官網(wǎng)下載：https://www.java.com/zh-CN/ 從App網(wǎng)站下載需要的插件后，通過cytoscape軟件的Apps → App Store → Install Apps Form File安裝即可。 八、通路網(wǎng)絡圖 做完組學分析后，可以得到比較組的富集結(jié)果，在富集結(jié)果中可能有些通路會是我們關(guān)注的重點，除了用熱圖展示通路里差異（基因/蛋白/代謝物）的表達情況，還可以使用通路網(wǎng)絡圖來展示差異的歸屬情況。 以下示例以轉(zhuǎn)錄組為參考，其它組學同理： 1、首先基于富集結(jié)果選擇trem/通路（可以是顯著性top的，也可以是自己關(guān)注的），此次以顯著性top5通路為例； 2、選擇需要繪制的通路和基因，整理成網(wǎng)絡文件和屬性文件（網(wǎng)絡文件為通路和基因的對應關(guān)系，網(wǎng)絡圖里也可以加上作用對的描述；屬性文件為node節(jié)點的描述信息），步驟參考下圖； 3、打開cytoscape，導入網(wǎng)絡和屬性文件，然后對網(wǎng)絡進行調(diào)整； 4、在style和Layout里調(diào)整網(wǎng)絡（節(jié)點性狀大小按照通路和基因設置，改變字體大小等）后，可以導出圖片。 備注：代謝物/蛋白-通路、基因-通路-代謝物、代謝-基因-通路+PPI等網(wǎng)絡都可以如此繪制。
九、相關(guān)性網(wǎng)絡圖 做完組學后，我們會得到基因/蛋白/代謝物的表達量數(shù)據(jù)，在單個組學中我們能夠篩到差異的結(jié)果，進一步我們可以進行關(guān)聯(lián)分析。通過相關(guān)性分析，可以得到差異基因/蛋白/代謝物之間的關(guān)聯(lián)性，或者得到其和表型指標的關(guān)聯(lián)性，隨后根據(jù)關(guān)聯(lián)情況構(gòu)建相關(guān)性網(wǎng)絡。 以下示例以轉(zhuǎn)錄和代謝為例： 1、在我們這里做完聯(lián)合分析后，在04文件夾里會得到基因和代謝物的相關(guān)性矩陣1（Cor），以及相關(guān)性系數(shù)在0.8以上的矩陣（mRNA_mete_diffrence_log2_dotplot）。由于差異分組中基因和代謝物的相關(guān)性較多，因此在標準分析中網(wǎng)絡圖我們選取相關(guān)性結(jié)果前100個關(guān)系對進行作圖。有些時候老師關(guān)注的代謝物或基因不在網(wǎng)絡圖中，這樣的話，我們可以基因這個矩陣2篩選我們關(guān)注的基因和代謝物，再繪制相關(guān)性網(wǎng)絡圖； 備注：其它組學也一樣，需要得到相關(guān)性矩陣后，繪制網(wǎng)絡圖。相關(guān)性矩陣可以用一些在線小工具或R的cor()函數(shù)等得到，一般輸入文件為2個表達矩陣（基因/蛋白/代謝物在樣品里的表達矩陣，表型在樣品里的數(shù)值矩陣，且樣品需要一一對應）。 2、在篩選的時候，可以先整理個關(guān)注的基因和代謝物的列表，用excel的vlookup函數(shù)篩選，保留基因列和代謝物列都是關(guān)注的作用對，將基因和代謝物列分別作為node1和node2，cor和p值可以作為網(wǎng)絡的篩選文件，另存為制表符分隔的txt作為網(wǎng)絡文件，然后對基因和代謝物整理屬性文件； 備注：基因ID如果需要用基因名字替換的話，也可以用vlookup查找替換。vlookup使用可以參考：https://mp.weixin.qq.com/s/KxxtA9rR1P_mV3Q6-aslEQ 3、打開cytoscape，導入網(wǎng)絡和屬性文件，然后可以在style和Layout里對網(wǎng)絡進行調(diào)整（根據(jù)屬性區(qū)分節(jié)點，根據(jù)相關(guān)性系數(shù)展示連線的顏色等），完成后可以導出圖片。
十、RNA調(diào)控網(wǎng)絡圖 在生物體內(nèi)除了作為遺傳信息傳遞的mRNA外，還有多種不同類型的RNA（lncRNA、miRNA等）參與復雜的基因表達調(diào)控網(wǎng)絡。為了更全面的獲得不同處理下，生物體內(nèi)的RNA表達情況，我們可以通過全轉(zhuǎn)錄組測序、mRNA+miRNA測序、lncRNA+miRNA測序等技術(shù)，同時獲得樣品里多種不同RNA的表達及差異情況。根據(jù)不同RNA之間的靶向關(guān)系，我們可以進一步構(gòu)建差異RNA調(diào)控網(wǎng)絡。 以下示例以lncRNA+miRNA測序為例： 1、在lncRNA測序結(jié)果中有l(wèi)ncRNA和miRNA互作分析（結(jié)果為：report→result→LncRNA→6_miRNA_LncRNA→mirna_target表），在miRNA測序結(jié)果中有miRNA的靶基因分析（結(jié)果為：report→result→miRNA→4_miRNA_target→miRNA_target.txt壓縮包里的表）； 2、然后在兩個表中可以通過vlookup將比較組的差異結(jié)果查找過來，然后將差異的作用對拿出來構(gòu)建網(wǎng)絡文件，以及可以將這些RNA的類別和上下調(diào)作為屬性文件； 備注：可以篩選mi-lnc和mi-m里共有差異miRNA的互作對；可以將lnc和m的靶向也加進去；還可以篩選關(guān)注的RNA的作用對等。 3、打開cytoscape，導入網(wǎng)絡和屬性文件，然后可以在style和Layout里對網(wǎng)絡進行調(diào)整，完成后可以導出圖片。
小派用了三期來介紹cytoscape，希望大家都能有所收獲哈！！
