2024-07-03
前言
派森諾細菌基因組在客戶的寶貴建議下，持續煥發著活力，不斷地進行自我革新與進化。經過精心打磨與多方智慧的融合，我們再次實現了重大的升級與蛻變！全新的細菌框架圖與完成圖，以煥然一新的面貌驚艷亮相，它們將以更加精準、清晰的方式，呈現細菌基因組的奧秘與魅力！！
接下來，讓我們懷揣著期待與好奇，率先揭開派森諾升級后細菌框架圖&完成圖的神秘面紗，攜手開啟一段全新的探索之旅，共同譜寫科學研究的嶄新篇章！
一、細菌De novo升級后分析概況
新升級的分析內容，包括細菌基因組組裝質量、分析項目、數據庫的升級等。目前對細菌框架圖和完成圖兩個產品都進行了升級，大家可根據項目需要進行選擇。
【圖】以完成圖為例的分析概況
二、升級后全新亮點
亮點一
Pacbio三代測序由Pacbio Sequel II平臺升級為Pacbio revio平臺
1.縮短測序周期：和Sequel IIe相比，Revio測序儀通量提升了15倍;
2.準確性提高：相較于二代數據Q31（99.92%），CCS數據準確性Q20（99%），HiFi數據準確性可達Q33（99.95%）;
3.變異檢出率也會提高，尤其是InDel、SV大片段檢出率。
亮點二
全面的基因組評估分析
基因組評估包括：K-mer頻率分布分析、GC_depth分布、基因組覆蓋度分析、cherkM軟件對基因組質量評估、GTDB物種分類分析，滿足在發文章的時候審稿人要求自證發表的基因組沒有問題的要求。
【圖】K-mer深度分布圖
【圖】GC_depth分布圖
【圖】基因組覆蓋圖
表checkM基因組評估
亮點三
進行MLST、cgMLST細菌分型分析
細菌分型，作為微生物學領域中的一項關鍵技術，旨在深入剖析并揭示不同菌株之間的內在聯系與差異。細菌分型不僅有助于明確病原菌與污染菌的特定屬性，還能追溯其來源與演變歷程，為疫病污染的監測與防控提供堅實的科學依據。在流行病學研究的廣闊領域中，細菌分型的確立具有不可估量的價值，它如同構建了一座橋梁，連接著病原體的微觀世界與宏觀的公共衛生策略，為深入探索病原傳播規律、制定有效防控措施奠定了堅實的理論基礎。
【圖】MLST分型示例圖
【圖】cgMLST分型最小生成樹示例圖（群體樣本分析）
亮點四
構建16S與核心基因進化樹，并增加ANI分析
無需老師提供參考基因組，根據老師的物種選擇同屬20個樣本進行16S進化樹與核心基因進化樹構建。
【圖】16s進化樹
【圖】核心基因進化樹
亮點五
增加比較基因組分析
增加比較基因組分析，豐富文章內容包括基因組家族分析，特有基因GO和KEGG富集分析。
【圖】基因家族分析韋恩圖
【圖】特有基因GO富集
【圖】特有基因KEGG富集
亮點六
完善的致病系統數據庫
毒力基因、耐藥基因（CARD ）、抗生素抗性基因、信號肽預測、分泌蛋白預測、轉運蛋白、雙組分系統等分析，全面挖掘耐藥基因滿足對致病菌研究。
【圖】病原與宿主互作數據庫
【圖】TCDB功能二級分類圖
三、派森諾部分細菌De novo高分文章
物種名 | 期刊名 | 2024年影響因子/JCR分區 | 年份 | 文章題目 |
紅球菌 | Journal of Hazardous Materials | 12.2/Q1 | 2022 | An amidase and a novel phenol hydroxylase catalyze the degradation of the antibacterial agent triclocarban by Rhodococcus rhodochrous |
路氏腸桿菌 | GREEN CHEMISTRY | 9.3/Q1 | 2022 | Insights into the molecular mechanism of a new efficient whole-cell biocatalyst Enterobacter ludwigii YYP3 in 5-hydroxymethylfurfural reduction |
有益桿菌 | ENVIRONMENTAL RESEARCH | 7.7/Q1 | 2022 | A novel Diaphorobacter sp. strain isolated from saponification wastewater shows highly efficient phenanthrene degradation |
海洋弧菌 | msystems | 5.0/Q1 | 2022 | A Polysaccharide Biosynthesis Locus in Vibrio parahaemolyticus Important for Biofilm Formation Has Homologs Widely Distributed in Aquatic Bacteria Mainly from Gammaproteobacteria |
氣單胞菌 | LWT-FOOD SCIENCE AND TECHNOLOGY | 6.0/Q1 | 2022 | Antibiotic resistance and polymyxin B resistance mechanism of Aeromonas spp. isolated from yellow catfish, hybrid snakeheads and associated water from intensive fish farms in Southern China |
索氏鯨桿菌 | Microbiome | 13.8/Q1 | 2023 | Vitamin B12 produced by Cetobacterium somerae improves host resistance against pathogen infection through strengthening the interactions within gut microbiota |
假單胞菌 | Nature communications | 14.7/Q1 | 2023 | The natural pyrazolotriazine pseudoiodinine from Pseudomonas mosselii 923 inhibits plant bacterial and fungal pathogens |
沙門氏菌 | Science of the Total Environment | 8.2/Q1 | 2023 | 1A multiple PAHs-degrading Shinella sp. strain and its potential bioremediation in wastewater |
大腸桿菌 | Science of the Total Environment | 8.2/Q1 | 2023 | One global disseminated 193 kb high-risk hybrid plasmid harboring tet(X4), mcr or blaNDM threatening public health |
噬藍假單胞菌 | Environmental Microbiome | 6.2/Q1 | 2023 | Phylogenomics of fve Pseudanabaena cyanophages and evolutionary traces of horizontal gene transfer |
乳桿菌屬 | LWT-FOOD SCIENCE AND TECHNOLOGY | 6.0/Q1 | 2024 | Whole genome sequencing and analysis of probiotic characteristics for Lactiplantibacillus plantarum EL2 isolated from yak yogurt |
