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微生物組學(xué)重磅干貨!從研究思路到實(shí)踐應(yīng)用的全方位攻略

2024-05-29

從研究思路到實(shí)踐應(yīng)用的全方位攻略-(1).jpg

在我們生活的各個(gè)角落,都隱藏著一個(gè)神秘而又龐大的微觀世界,那里居住著數(shù)以億萬計(jì)的微生物。今天,跟著小派一起踏上這場(chǎng)探索微生物組學(xué)奧秘的旅程,從研究思路到實(shí)踐應(yīng)用,全面解鎖微生物組學(xué)的無限可能!無論您是初步接觸微生物組的小白,還是已經(jīng)略有建樹的研究者,這趟旅程您一定會(huì)滿載而歸。干貨較多,記得收藏哦。

(ps:后續(xù)具體視頻及軟文內(nèi)容點(diǎn)擊網(wǎng)站或超鏈接查看,紅色的為派森諾云學(xué)院視頻,藍(lán)色的為干貨軟文。視頻只需注冊(cè)即可觀看喲)


第一站

思路大派送-微生物組學(xué)的奇幻之旅啟程

歡迎小伙伴們踏入微生物組學(xué)的神秘殿堂!是否還苦惱于什么是微生物組?怎么去研究微生物組?微生物組的實(shí)驗(yàn)該如何設(shè)計(jì)嗎?首先,我們將為大家?guī)硪幌盗芯始姵实乃悸反蠓潘汀o論您是對(duì)微生物組學(xué)充滿好奇的新手,還是渴望深入探索的研究者,這里都將有您想要的答案。多維度的數(shù)據(jù)融合和生動(dòng)的案例解讀將轉(zhuǎn)化為一把把鑰匙,解鎖微生物與健康、環(huán)境、農(nóng)業(yè)間錯(cuò)綜復(fù)雜的關(guān)聯(lián)。讓我們共同踏上微生物組學(xué)的奇妙之旅!

1、以微生物為中心的多組學(xué)整合研究

微生物組大數(shù)據(jù)挖掘思路;全微生物組關(guān)聯(lián)分析MWAS;多組學(xué)整合研究的方法;多組學(xué)整合研究案例解讀

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/a3acffcb565643928c072d9de25a2fd9

2、一起聊聊微生物組研究中的多組學(xué)整合思路

多組學(xué)整合思路和案例介紹

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/823b0c4fb5f94b799caeffced54034a5

3、多組學(xué)技術(shù)在中醫(yī)藥研究領(lǐng)域的應(yīng)用

中醫(yī)藥研究領(lǐng)域微生物組多組學(xué)思路歸納;多組學(xué)關(guān)聯(lián)的常用分析方法;案例分享

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/0858cf4089e871ee80185107e0c90102

4、微生物組在醫(yī)學(xué)研究中的應(yīng)用和思路

微生物和醫(yī)學(xué)研究的關(guān)系;思路和分析方法;案例介紹

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/2d73d5d083b54889890acd8345095510

5、醫(yī)學(xué)微生物組合作成果大放送!

6、微生物組在農(nóng)學(xué)研究中的應(yīng)用和思路

微生物和農(nóng)學(xué)研究的關(guān)系;思路和分析方法;案例介紹

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/b8cc94c9b4574c63afe2a6e1b8f51f70

7、環(huán)境微生物組合作成果大盤點(diǎn)!

8、食品 & 微生物組領(lǐng)域,期刊影響因子知多少?

9、微生物組研究,多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)是王道!

10、2023年派森諾微生物組項(xiàng)目文章集錦

11、【開學(xué)季獻(xiàn)禮】派森諾微生物組合作成果大盤點(diǎn)!

12、史上最強(qiáng)合集,微生物組合作成果大盤點(diǎn)!

13、輕松入門微生物組學(xué),看這一篇就夠了!


第二站

教授開講啦-微生物組學(xué)名家講座

掌聲有請(qǐng)我們的專家教授!他們將帶您穿梭于微生物組學(xué)的核心領(lǐng)域,為我們揭示微生物組學(xué)的深層奧秘。讓我們一同領(lǐng)略領(lǐng)略學(xué)術(shù)的無窮魅力,千萬不要錯(cuò)過哦!

1、陳廷濤教授微生物組講座錄像:健康的破壞者與重建者

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/add9cdcfbe3e459c97af256ad806cd2b

2、沈友明博士微生物組講座錄像:”守衛(wèi)香甜”的蘋果表面微生物初探

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/8501a9bfe590400099a77a84b4c4abb3

3、趙超教授微生物組講座視頻:從菌群組成分析到其后機(jī)制的橋梁

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/a16dffca8dfd4750b9ba336b422d324f

4、段勝仲教授微生物講座視頻:口腔-腸道微生物交流與高壓的因果關(guān)系

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/cf2e56872cf64488b89f38f9bfa46d58

5、孫蔚旻教授微生物講座視頻:尾礦極端環(huán)境下的的生物地球化學(xué)過程及其環(huán)境調(diào)控

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/adc4e1671a9d49779f96b19c8655502a



第三站

結(jié)果解讀-揭開微觀世界的神秘面紗

在制定了研究策略并進(jìn)行了微生物組分析后,面對(duì)結(jié)果數(shù)據(jù)是否仍是一頭霧水?α、β多樣性意味著什么?什么是關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)?功能注釋的奧秘何在?以及binning分析又是如何助力我們探索的??接下來,我們將逐一解開這些謎團(tuán),詳細(xì)闡述如何解讀微生物組分析的結(jié)果,幫助您深入理解微生物群落的組成、結(jié)構(gòu)和功能分析等。并通過知識(shí)進(jìn)階和拓展,讓您從小白進(jìn)階到大牛!跟著小派繼續(xù)踏上這場(chǎng)充滿驚奇的微生物探索之旅吧!


菌群多樣性組成譜

總體結(jié)果解讀

1、包含兩個(gè)視頻:

①基于QIME2平臺(tái)的全新分析流程及基因云分析平臺(tái)簡(jiǎn)介

什么是QIME2及完整詳細(xì)多樣性報(bào)告解讀(基于云分析界面)。

②從組成到功能:微生物組功能分析的意義和方法

為什么要預(yù)測(cè)群落代謝功能;PICRUSt2功能預(yù)測(cè)簡(jiǎn)介(改進(jìn)、分析流程、不同功能預(yù)測(cè)的方法)。

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/2c3eb874e3af4a63bd5a966feb6f7691

2、一起來聊聊:QIIME2云分析的應(yīng)用和拓展

QIIME2云分析簡(jiǎn)介(流程概述、基因云簡(jiǎn)介);重點(diǎn)分析內(nèi)容剖析(基于PPT講解完整多樣性結(jié)果);文獻(xiàn)分享;云分析實(shí)操(10分鐘快速介紹所有內(nèi)容)

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/5852089e6b434dc99b217a8f62bf4da8

3、結(jié)題報(bào)告生成演示

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/4b559225f1144969b4d36083b60966e7

4、分組方案創(chuàng)建

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/75221e51e0c6492a86450b2d68598391

5、關(guān)于QIIME 2的一切,您想知道的都在這兒了



分章結(jié)果解讀(PPT+云分析實(shí)操)

6、微生物組云分析實(shí)操和數(shù)據(jù)挖掘1:序列處理與物種組成篇

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/6c9ddcaa7a5347b99aca50170518e421

進(jìn)階1: 一鍵玩轉(zhuǎn)QZV,帶您體驗(yàn)最純正的QIIME 2!

進(jìn)階2: 坐擁classify-sklearn和brocc兩大神器,QIIME2如何搞定物種注釋?

7、微生物組云分析實(shí)操和數(shù)據(jù)挖掘2:α、β多樣性分析

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/fb00c92c122d4ac886a5918c5ea13068

7.1、Alpha多樣性指數(shù)介紹

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/a00144f0cd1c47a7aef8e5602e498edb

7.2、稀疏曲線

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/bdcc9340b328465c8d2cf5e400768b58

8、微生物組云分析實(shí)操和數(shù)據(jù)挖掘3:物種差異與標(biāo)志物種分析

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/7267a17164ff4df18a47a222ff7d5387

9、微生物組云分析實(shí)操和數(shù)據(jù)挖掘5:關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)分析與功能潛能預(yù)測(cè)

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/890080927b664581b636bd76402e3fe2

進(jìn)階1:關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)云分析

網(wǎng)絡(luò)分析的種類和方法講解;網(wǎng)絡(luò)分析在微生物組中的應(yīng)用;基因云網(wǎng)絡(luò)分析實(shí)操;案例解讀

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/7cbcf27b5c6148a9b8bdc76baf3abda4

進(jìn)階2:功能預(yù)測(cè)云分析

PICRUSt2分析和優(yōu)勢(shì);案例分享;云平臺(tái)演示;其他功能預(yù)測(cè)方法(Tax4Fun、Bagbase、FarProTax、FunGuild);會(huì)后答疑

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/e1b25fe798a54cb79de7e40c11ba6bde

進(jìn)階3: MetaCyc:一個(gè)致力于收集所有已知生命代謝通路的數(shù)據(jù)庫

進(jìn)階4:KEGG功能數(shù)據(jù)庫的使用

KEGG數(shù)據(jù)庫詳細(xì)介紹;KEGG在微生物組中的應(yīng)用;KEGG數(shù)據(jù)庫實(shí)操

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/bbb5d6fd1b41424e9d5b3e242c50173a


宏基因組和宏轉(zhuǎn)錄組

云平臺(tái)結(jié)果解讀

1、宏基因組和宏轉(zhuǎn)錄組基礎(chǔ)分析講解1:數(shù)據(jù)處理分析

宏基因和宏轉(zhuǎn)錄介紹;分析流程;基于ppt介紹結(jié)果

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/2b2617b7bdf44ab298f8842ec7ac7079

2、宏基因組和宏轉(zhuǎn)錄組功能分析講解2:功能水平分析介紹

差異分析與通路映射圖;富集分析;KEGG數(shù)據(jù)庫使用

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/b6dfe37d04fd44ceb9f08ba72356397e

3、宏基因組云平臺(tái)操作演示1:序列處理分析

宏基因組序列處理分析云平臺(tái)報(bào)告解讀

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/914fd6e0d28771ed80a06732b68f0102

4、宏基因組云平臺(tái)操作演示2:物種水平分析

派森諾物種注釋的優(yōu)勢(shì);宏基因組物種水平分析云平臺(tái)報(bào)告解讀

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/3ce8f420d45271edb54c6733a78e0102

5、宏基因組云平臺(tái)操作演示3:功能水平分析

功能注釋的原理和優(yōu)勢(shì);14大數(shù)據(jù)庫介紹;宏基因組物種水平分析云平臺(tái)報(bào)告解讀

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/22deaa10ea2971ed805c6732b68e0102

6、宏基因組云平臺(tái)操作演示4:數(shù)據(jù)集管理和物種功能對(duì)應(yīng)分析

宏基因組數(shù)據(jù)集管理和物種功能對(duì)應(yīng)分析云平臺(tái)報(bào)告解讀

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/ebed2760ea2971ed805c6732b68e0102

7、派森諾宏基因組“龍”重升級(jí),20大數(shù)據(jù)庫分析一次性交付!



知識(shí)進(jìn)階

8、基于reads的宏基因組,微生物挖掘的新思路

基于reads的宏基因組原理介紹;宏基因組數(shù)據(jù)挖掘方法;案例分享

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/c0f6965a9fa471ee80590675b3ed0102

9、Binning分析講解

Binning原理和應(yīng)用;metaWRAP講解;報(bào)告解讀

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/a330417870da4050b3b658fb20052813

10、binning分析新流程,深入挖掘微生物的潛能

宏基因組binning原理和升級(jí)介紹;各領(lǐng)域binning研究思路;binning案例

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/90a3f5b3adc071eebfc34531859c0102

11、做宏基因組太common?宏基因Binning分析讓您的文章與眾不同!

12、宏組學(xué)分析的應(yīng)用和拓展

宏組學(xué)概況、分析流程介紹、分析內(nèi)容介紹、案例分享

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/7ee13c583eb141dfb386464e6956a94e

13、真菌宏基因組,助力環(huán)境真菌的研究(更多聚焦真菌)

真菌宏基因組介紹;真菌宏基因組原理和流程介紹;真菌宏基因組各類領(lǐng)域思路;案例分享

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/50faa456adc171ee9c1e6732b78e0102


第四站

繪圖教程-繪圖大師的魔法棒

在微生物組學(xué)的研究中,數(shù)據(jù)可視化是不可或缺的一環(huán)。一個(gè)清晰、美觀的數(shù)據(jù)圖表不僅能讓研究結(jié)果躍然紙上,更能助力讀者輕松洞悉其深層含義,并贏得審稿人的青睞。接下來,繼續(xù)我們的繪圖之旅,小派手把手教您如何運(yùn)用派森諾云圖匯和代碼,將海量數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為生動(dòng)圖片。讓我們一起動(dòng)手實(shí)踐,讓數(shù)據(jù)說話!

(140+常見組學(xué)及科研圖片任您繪制,注冊(cè)派森諾基因云即可樂享交互)

1、相關(guān)性分析

Spearman\pearson相關(guān)性;關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)分析;RDA、CCA、VPA、PCoA-envfit

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/9aa1e68286674fe583a935a80c50606a

2、微生物組研究中的云圖匯高頻應(yīng)用

基因云介紹;云圖匯實(shí)操:差異檢驗(yàn)箱線圖、關(guān)聯(lián)熱圖、RDA\CCA、韋恩圖、相關(guān)系數(shù)圖、PCo、關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/e75dcca543f74803a08713b4a309ad71

3、微生物組云圖匯高頻分析工具(最新)

circos圖;差異檢驗(yàn)箱線圖;多功能差異檢驗(yàn)圖;韋恩圖;upset圖;相關(guān)系數(shù)圖;RDA\CCA;關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò);關(guān)聯(lián)熱圖;網(wǎng)絡(luò)熱圖(mantel test)

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/535c35c0ea6271ed80446732b68f0102

4、微生物組R分析繪圖實(shí)戰(zhàn)

CCA;RDA;相關(guān)性熱圖講解和實(shí)操

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/daf5897c31db44f6908204a61b40d078

5、菌群差異分析不求人,高顏值箱線圖一鍵GET!

6、云圖匯實(shí)操講解:RDA/CCA/PCoA_envfit分析1

7、云圖匯實(shí)操講解:RDA/CCA/PCoA_envfit分析2

8、高顏值功能單元熱圖輕松繪制

9、一文讀懂QZV,一鍵玩轉(zhuǎn)3D-PCoA!

10、快速繪制物種關(guān)系Circos圖,讓您省時(shí)又省力

11、交互式關(guān)聯(lián)熱圖,讓繪圖更加流暢絲滑~

12、如何高效使用聚類條形圖?


第五站

拓展延伸-探索微生物組的寶藏

在這一站,我們將踏上微生物組學(xué)的深入探索之旅,帶您領(lǐng)略這一領(lǐng)域的廣闊天地和無限可能。小派將介紹一些前沿的技術(shù)和工具,包括常見數(shù)據(jù)庫介紹、孟德爾隨機(jī)化的應(yīng)用、微生物群落構(gòu)建模型以及其他微生物組測(cè)序技術(shù)等。這些技術(shù)和工具將幫助您更深入地理解微生物組學(xué)的奧秘,為您的研究提供新的思路和方法。

1、MBPD數(shù)據(jù)庫:細(xì)菌病原微生物鑒定的新工具

病原微生物檢測(cè)方法概覽;MBPD數(shù)據(jù)庫簡(jiǎn)介和其他數(shù)據(jù)庫比較;細(xì)菌病原數(shù)據(jù)庫應(yīng)用案例

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/70c158b3941071ee856f6733a68f0102

2、MBPD:多種病原細(xì)菌檢測(cè)流程,守護(hù)健康,科學(xué)預(yù)防!

3、擴(kuò)增子和宏基因組測(cè)序常用數(shù)據(jù)庫介紹

Silva、Greengenes、UNITE、PR2、HOMD、Greengenes2、NCBI、GTDB

4、孟德爾隨機(jī)化助力研究微生物與疾病的因果關(guān)系

孟德爾隨機(jī)化原理和流程和結(jié)果介紹;醫(yī)學(xué)微生物研究現(xiàn)狀;孟德爾隨機(jī)化+微生物的案例

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/30584a439fa571ee801f0764b3ec0102

5、MR分析助力臨床微生物研究!

6、微生物群落構(gòu)建模型,環(huán)境微生物領(lǐng)域研究高分利器

環(huán)境微生物組研究介紹;微生物群落多樣性介紹;群落構(gòu)建模型(NCM、βNTI、iCAMP、NST)解析多樣性機(jī)制介紹;研究案例

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/2301f4008e8171ee87880764a0ec0102

7、群落構(gòu)建模型NCM、βNTI、iCAMP...傻傻分不清楚?一文讓您了解!!!

8、Pacbio測(cè)序之全長16S測(cè)序

9、解決微生物定量難題!派森諾帶您了解16S絕對(duì)定量擴(kuò)增子測(cè)序技術(shù)

10、解讀RDA和CCA的基礎(chǔ)原理及應(yīng)用


第六站

干貨滿滿-微生物組學(xué)秘籍大放送

經(jīng)過一系列的探索和挑戰(zhàn),我們終于抵達(dá)了終點(diǎn)站,想必您在前面的旅程中已經(jīng)積累了豐富的數(shù)據(jù)和精美的圖表。現(xiàn)在,是時(shí)候?qū)⑦@些寶貴的成果轉(zhuǎn)化為文字,給大家展示您的研究成果了。沒有思路?不知道怎么應(yīng)用數(shù)據(jù)?別擔(dān)心,小派最后為您準(zhǔn)備了一系列實(shí)用的秘籍和技巧,助您在科研道路上更加從容自信。

1、微生物組學(xué)術(shù)論文撰寫方法與經(jīng)典案例解讀

論文該怎么寫;微生物組論文撰寫思路;微生物組常用圖表解讀;案例分享

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/e08b38f4b5a271eebfa74531948c0102

2、助力基金申請(qǐng),微生物組大禮包免費(fèi)領(lǐng)!

3、微生物組測(cè)序數(shù)據(jù)上傳NCBI實(shí)操

https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/3944facef821476c97230f5e73cd3367

4、宏組學(xué)數(shù)據(jù)NCBI_SRA上傳攻略,超簡(jiǎn)單!超實(shí)用!


在微生物組學(xué)的奇幻之旅中,從第一站的思路大派送,到第六站的秘籍全攻略,每一步都凝聚著我們對(duì)微生物組學(xué)奧秘的無限好奇與不懈追求。感謝每一位與我們一起踏上這段旅程的伙伴,希望這些干貨滿滿的教程和秘籍助您在微生物組學(xué)的世界里游刃有余。讓我們繼續(xù)前行,在微生物組學(xué)的廣闊天地中探索更多的未知,創(chuàng)造更多的可能。探索之旅,永遠(yuǎn)在路上!


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