2024-05-28
空間轉錄組測序是一項將組織病理學與轉錄組學相結合，還原組織中各個空間位點細胞信息、基因表達信息的技術，結合顯微成像和測序技術在獲得基因表達數(shù)據(jù)的同時最大程度地保留樣本的空間位置信息，這讓科研工作者更好地了解發(fā)育和疾病過程中細胞相互作用的復雜性。利用10x Genomics空間轉錄組技術發(fā)表的文獻已有500+，但基于55μm spot檢測的分辨率無法達到單個細胞的水平。為了更精確地區(qū)分和表征組織內的細胞多樣性和疾病狀態(tài)，科研工作者亟需空間分辨率更高的技術。下面來跟小派一起回顧下10x Genomics Visium HD~ 【Visium HD空間轉錄組 | 您的空間轉錄組“顯卡“已升級！】
10× Visium HD介紹 Visium HD空間基因表達玻片包含兩個6.5mm×6.5mm的捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域內包含1100萬個2 x 2 μm帶有空間位置標簽的小方格，小方格連續(xù)排列“無間隙”，實現(xiàn)全組織覆蓋，更加還原組織的空間結構信息，獲得數(shù)據(jù)可根據(jù)不同細胞大小選擇合適的最小分析單位（10×官方推薦合并為8 μm × 8 μm，也可以根據(jù)細胞大小調整分析單位），實現(xiàn)單細胞水平的空間組織結構分析。 Visium HD 空間基因表達玻片示意圖
10× Visium HD內測數(shù)據(jù)質控解讀 迄今，10x Genomics官方近期釋放了4例Visium HD 內測數(shù)據(jù)，分別是人類肺癌、人類結腸癌、小鼠大腦和小鼠小腸，具體見官方鏈接（Datasets - 10x Genomics），小派分析了其中的小鼠小腸FFPE樣本Visium HD 數(shù)據(jù)，如下： 該樣本8 μm的bin為單位，組織覆蓋到的 Bin（spots ）為 351817個，每個 Bin 平均捕獲到的 reads 數(shù)為922.7個，每個 Bin 平均捕獲到的 UMI 數(shù)為392.4，捕獲到的總的基因數(shù)目為19029個（小鼠探針總基因數(shù)為19059個，實際檢測到了19029個，證明Visium HD探針在小鼠樣本中捕獲效率非常高！）
降維聚類分析：Spaceranger 對小鼠小腸樣本分別進行 Bin 8μm 和 Bin 16μm 的降維聚類以及差異分析，并展示了降維聚類圖和差異基因列表。 小鼠小腸Bin 8μm 和 Bin 16μm 降維聚類數(shù)據(jù) 10× Visium HD送樣要求和質控要求 送樣要求 目前僅限人和小鼠的FFPE樣本，即可送石蠟包埋塊，也可送貼好的切片或HE 染色的片子 石蠟包埋塊：大小≤ 6.5×6.5mm，厚度大于 3 mm； 貼好的切片 & HE 染色的片子：至少需要送15-20 張 4-5μm 的切片； 石蠟包埋/切片樣本，均需避光常溫運輸，如遇天氣炎熱，可放 2-4 個冰袋。 質控要求 DV200（長度大于200bp的RNA 片段占比）＞30% & HE染色結構符合客戶要求 現(xiàn)在10× Visium HD買一送一活動正在火熱進行中(【派森諾周年特價回饋】π Day：13→14跨越無限”)，感興趣的老師可以聯(lián)系我們當?shù)劁N售同事咨詢~~
