2017-04-26
丹酚酸為丹參的主要生物活性成分，丹酚酸生物合成過程已有較多的報道，但僅限于第二代測序平臺的短片段研究，很難闡述同一個基因的不同的轉錄本及可變剪接。
以PacBio公司的SMRT單分子實時測序技術（Single molecule real-time sequencing）為代表的三代測序技術，通過其獨有的環形一致性測序模式（Circular-consensus sequence，CCS），極大提高單堿基測序的準確率，遠超Illumina等二代測序技術。與傳統轉錄組測序項目相比，利用PacBio平臺的全長轉錄組測序技術可以直接獲得mRNA的全長，保證了mRNA序列的精確性。
去年，Front Plant Sci雜志在線發表一篇題為Global Identification of the Full-Length Transcripts and Alternative Splicing Related to Phenolic Acid Biosynthetic Genes in Salvia miltiorrhiza的文章，該文章利用第二代+第三代的組合模式，對丹參的根進行轉錄組測序，研究丹酚酸的生物合成。
1. 研究目的
利用全長轉錄組測序技術獲取丹參中丹酚酸生物合成基因的轉錄本，并進行可變剪接研究。
2. 研究方法
丹參根組織，將周皮、韌皮部、木質部混合，利用PacBio平臺進行全長轉錄組測序；
將周皮、韌皮部、木質部分別進行二代轉錄組測序。
3. 分析結果
本文利用全長轉錄組測序數據及先前得到的二代轉錄組數據，分布開展分析。鑒定迷迭香酸生物合成過程中的15個基因的全長，并發現4個基因存在可變剪接；預測6個細胞色素P450s和5個漆酶相關基因參與丹酚酸A合成通路。
圖1 丹酚酸在根不同部位的含量
圖2 酚酸通路相關基因的結構和可變剪接
圖3 CYP450s的基因結構、可變剪接及表達模式
