2021-02-09
轉(zhuǎn)錄組文章收藏越來越多，轉(zhuǎn)錄組研究思緒卻越來越亂，該怎么辦？
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘過程中發(fā)現(xiàn)疑點難點，之前好像看到過解析，卻找不到了怎么辦？
就不能有一篇可以解決所有煩惱的文章來拯救一下在崩潰邊緣的我嗎？！
……
他來了，他來了，他帶著轉(zhuǎn)錄組干貨技巧總結(jié)來了！
前期信息準(zhǔn)備，中期深度挖掘，后期驗證分析，統(tǒng)統(tǒng)都有！
僅收藏此一篇，讓你從轉(zhuǎn)錄小白成長為RNA-Seq大神不再是夢！
在此新春佳節(jié)來臨之際，我們把之前推送過的一些轉(zhuǎn)錄組技巧類文章進(jìn)行匯總，包括做項目前的準(zhǔn)備，拿到數(shù)據(jù)時的解析以及后續(xù)功能的驗證等等。以此為各位做轉(zhuǎn)錄組項目的老師獻(xiàn)上一份派森諾獨有的祝福禮！
做轉(zhuǎn)錄組項目前期
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研究的物種是否有參考基因組是做轉(zhuǎn)錄組測序之前首先要確認(rèn)的一個問題，這決定了我們是做有參轉(zhuǎn)錄組測序還是無參轉(zhuǎn)錄組測序。不同的項目對應(yīng)的分析方法不同，在這兩篇文章里給大家詳細(xì)的介紹了如何在一些主流數(shù)據(jù)庫（Ensembl數(shù)據(jù)庫、NCBI數(shù)據(jù)庫）找參考基因組和一些特殊物種的數(shù)據(jù)庫（UCSC數(shù)據(jù)庫、JGI基因組數(shù)據(jù)庫、柑橘類基因組數(shù)據(jù)庫、 薔薇科基因組數(shù)據(jù)庫等）找參考基因組。
待確定好自己的項目是做有參轉(zhuǎn)錄組還是無參轉(zhuǎn)錄組之后就可以準(zhǔn)備樣品送檢測序了。測序又涉及一個新的問題，我是建鏈特異性文庫還是非鏈特異性文庫呢？兩者有何區(qū)別呢？下面的文章也許能解決您的煩惱。
質(zhì)檢是轉(zhuǎn)錄組測序的一個關(guān)鍵環(huán)節(jié)，質(zhì)檢結(jié)果的好壞直接影響著測序質(zhì)量的高低。而質(zhì)檢報告最難讀懂的部分莫過于膠圖和峰圖，RNA提取是否合格？樣本有無污染？在質(zhì)檢報告中一般都會體現(xiàn)。
數(shù)據(jù)挖掘階段
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在滿懷欣喜的拿到轉(zhuǎn)錄組測試結(jié)題報告時，有很多初接觸的小伙伴會產(chǎn)生滿腦子的問號？這是什么？我應(yīng)該怎么看？這么多數(shù)據(jù)哪個才是重點？有此疑惑的小伙伴可以看下這篇文章，帶您快速了解轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果的三大部分，著重關(guān)注重點分析內(nèi)容。
轉(zhuǎn)錄組測序是出圖的利器，寫文章的話也會涉及很多圖片，這些圖片都有什么含義呢？又該如何使用介紹呢？可以參考下面這篇文章的詳細(xì)說明。
到底選擇Basemean還是FPKM？
差異分析，是做轉(zhuǎn)錄組測序永遠(yuǎn)也繞不開的一個話題，而差異分析中用于比較的兩個數(shù)值Basemean和FPKM同樣也是大家比較容易混淆的概念。下面兩篇文章從計算方法演示以及概念解讀方面來介紹了他們兩者的區(qū)別，還沒弄明白的小伙伴可以猛戳下文學(xué)習(xí)。
看懂結(jié)果是解讀數(shù)據(jù)的開始，而如何把結(jié)果和最終的課題相關(guān)聯(lián)才是我們的最終目的，且看這篇文章是如何挖掘關(guān)鍵基因的。
在挖掘分析的過程中，會發(fā)現(xiàn)每個分析版塊的注釋內(nèi)容都有些許差異，那么怎么才能把它們對應(yīng)的表達(dá)量、差異結(jié)果和注釋信息等放到一張表里呢？
其實只需要EXCEL表里的一個小小函數(shù)（VLOOKUP），就可以輕輕松松幫您把所有的信息整合到一起了。
做完轉(zhuǎn)錄組項目后
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分析挖掘完數(shù)據(jù)，找到了自己關(guān)注的hub基因，下一步大多就是要做qPCR驗證。那么問題就來了，有參、無參、CircRNA、LncRNA...？這么多類型我該如何找到它們的驗證序列呢？下方文章詳細(xì)講解了轉(zhuǎn)錄組各個項目的序列查找方法，歡迎有需求的小伙伴點擊查閱。
qPCR驗證完了，但是結(jié)果總是與預(yù)期不太符合，驗證不上就很讓人苦惱了。這篇文章就為大家詳細(xì)的分析了出現(xiàn)驗證不上的幾種原因，可以針對這些原因來進(jìn)行排查糾正。
如果想發(fā)高分文章，除了qPCR之外，還需要從多個角度對實驗結(jié)果進(jìn)行驗證。對于轉(zhuǎn)錄組測序后的其他驗證方法，這篇文章也給出了詳細(xì)的答案。
數(shù)據(jù)分析和文章撰寫都完成了，接下來就是滿滿的收獲季節(jié)了。但是不要忘了轉(zhuǎn)錄組在文章發(fā)表前大多都需要上傳數(shù)據(jù)到相關(guān)的數(shù)據(jù)庫。這里為大家推薦我司的一篇軟文，數(shù)據(jù)上傳按部就班So easy~
好了，以上就是今天為大家分享的所有內(nèi)容了，也是為我們轉(zhuǎn)錄組技術(shù)類文章做了一個總結(jié)。接下來我們也會持續(xù)發(fā)表更多的文獻(xiàn)解讀以及干貨類軟文，為您的科研發(fā)展助力！歡迎關(guān)注我們，一起在轉(zhuǎn)錄組大神這條路上越走越遠(yuǎn)~
