2020-09-29
又見面了哦，本期小編繼續分享NCBI上傳的相關教程哦，之前小編分享了細菌基因組、小基因組（點擊查看）上傳NCBI的流程，本期小編將分享真菌基因組上傳NCBI的流程，簡單易懂，操作方便。
真菌，是一種具真核的、產孢的、無葉綠體的真核生物，包含霉菌、酵母、塊菌以及其他人類所熟知的菌菇類。地球上真菌種類達160余萬種,與人類生活及生命健康密切相關。以不同真菌為對象的研究在揭示生命現象與本質、工農業應用、食品及生命健康應用等方面發揮了并發揮著重要的作用。真菌種類不同,基因組大小、編碼基因數量及基因組結構組成等也不相同。目前真菌的研究尚且不多，如果您發現了一株真菌具有某種特性或者新的真菌類別的話，歡迎大家來我司進行高通量測序進一步研究它哦。若您已經對菌株測序過了,那必定需要將基因組上傳至NCBI的。在上傳時不順暢，遇到一些問題沒辦法解決怎么辦？別著急，先跟著小編的步驟學習一遍，收獲多多。
基本流程
一、NCBI注冊
注冊網站：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/register/?back_url=http%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fhome%2Fsubmit.shtml&partners-uri=cms:/account/partners
打開NCBI注冊網站，按照網頁上的要求進行個人信息填寫，需要注意的是此處要填寫郵箱，一般不建議使用qq郵箱、163郵箱和foxmail郵箱，因為這些郵箱經常會存在接收不到NCBI郵件的現象。所有信息都填寫完成后點擊Create account，郵箱會接收到NCBI發過來的網站，打開此網站進行激活即可完成賬號注冊。
二、基本信息填寫
打開NCBI官網https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，輸入賬號和密碼，點擊網頁上的Submit欄可進入GenBank界面，找到真核生物基因組提交欄，點擊進入即可開始本次的提交（或直接點擊https://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/?form=history&tool=genbank進入提交界面）。具體步驟如下：
1、點擊New submission進入，此步操作可以得到SUB號；
2、選擇Single genome（真菌denovo測序是針對單個基因組進行的），點擊continue；
3、進入SUBMITTER完善個人信息，此處的郵箱仍然不建議使用qq郵箱、163郵箱和foxmail郵箱；
4、General Information信息填寫（此處以未申請BioProject和BioSample號為例，如果已經申請過可以直接將對應的BioProject和BioSample號直接填寫即可）：
（1）BioProject和BioSample處選擇NO，釋放數據日期可根據自己的需要來進行選擇；
（2）組裝軟件、測序深度、測序平臺等信息填寫：
框架圖項目的組裝軟件：A5-Miseq 版本V20160825和Spades 版本V3.12；
近完成圖項目的組裝軟件：Flye 版本V2.5；
測序深度=測序數據量/基因組大?。ㄎ宜窘Y題報告上一般會給出）；
測序平臺：二代一般為Illumina平臺；三代一般為Pacbio/Nanopore平臺；
（3）填寫基因組的組裝信息以及是否有關聯的文章，填寫完成后點擊Continue進入下一步；
三、BioProject信息填寫
菌株英文描述（大概100個左右word ）：描述下該菌株進行全基因組測序的目的、意義及用途（工業/農業/醫療等等）等信息(共性\不同)，填寫完成后點擊Continue進入下一步；
四、BioSample信息填寫
1、選擇Microbe，點擊Continue進入下一步；
2、BioSample Attributes:填寫物種拉丁名稱及菌株名；菌株的來源，保存單位（xxx單位分離及分離信息 xxx單位保存或 xxx保藏中心保存）和樣本收集時間；
五、Sequence上傳，信息填寫
1、FILES文件填寫:
（1）真菌框架圖和近完成圖組裝的都不是完整的基因組，選擇選項2；
（2）選擇網頁版上傳，并將基因組的scaffold序列全部上傳，如果真菌框架圖項目N數較多的話可以選擇上傳contig序列；
（3）AGP文件上傳：該文件在組裝結果文件夾中；
（4）注釋文件上傳：包含sqn文件和tbl文件，上傳結束后點擊Continue進行下一步；
2、GAPs填寫：此處需要根據實際的組裝結果來填寫，一般基因組中的N代表的是個預估值并不代表實際是多少個堿基；填寫完成，點擊Continue進行下一步；
3、填寫作者名字及排序，以及該基因組是否有相關聯的文章，填寫結束后，點擊Continue進入下一步；
六、數據提交
核查已填入的信息是否有誤，有問題的話返回對應的界面進行修改，確認無誤后點擊Finish Submission完成本次NCBI上傳。一般上傳一個星期內NCBI會發郵件到郵箱，給出相應的登錄號，這個登錄號可直接用于后續的文章中。
以上就是真菌基因組數據上傳NCBI的詳細步驟，是不是很簡單？研究真菌基因組的小伙伴們趕快動起你的手指，跟隨小編的步驟練習一下吧！如果大家在上傳過程中有任何疑問，歡迎和我們一起探討，可在文末留言或者郵件交流（[email protected]）。
下一期我們將介紹《測序原始數據上傳NCBI的流程》，感興趣的老師可以繼續關注我們哦，我們下期再見。
