2020-09-01
上期小編分享了《細菌基因組NCBI上傳的教程》（點擊查看）你get了嗎？上傳過程中有任何問題都可以與小編溝通哦。本期小編將分享關于小基因組數據NCBI上傳流程，那小基因組包含哪些基因組呢？
小基因組主要包括線粒體、葉綠體、病毒、質粒等，由于這些基因組大小通常小于1M，因此統稱為小基因組。基于高通量測序技術，對小基因組進行全基因組測序，可以得到其全基因組序列，并預測其重要的功能基因?；谌蚪M序列，對于線粒體/葉綠體可以進一步研究物種分類、進化關系等；對于病毒、質粒可以則可以進一步研究致病性、與宿主的相互作用等。對這些基因組進行研究后同樣也是需要將基因組的信息上傳到NCBI的，那如何上傳？上傳的具體流程是什么？來和小編一起學習下吧。
本次教程以葉綠體基因組上傳到NCBI 為例，其余的小基因組上傳步驟和它一樣哦。
基本流程
一、NCBI注冊 注冊網站： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/register/？back_url=http%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fhome%2Fsubmit.shtml&partners-uri=cms:/account/partners 打開NCBI注冊網站，按照網頁上的要求進行個人信息填寫，需要注意的是此處要填寫郵箱，一般不建議使用qq郵箱、163郵箱和foxmail郵箱，因為這些郵箱經常會存在接收不到NCBI郵件的現象。所有信息都填寫完成后點擊Create account，郵箱會接收到NCBI發過來的網站，打開此網站進行激活即可完成賬號注冊。 二、基本信息填寫 打開NCBI官網https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，輸入賬號和密碼，點擊網頁上的Submit欄可進入GenBank界面，找到小基因組提交欄，點擊進入即可開始本次的提交（或直接點擊https://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/?form=history&tool=genbank進入提交界面）。具體步驟如下： 1、點擊Start BankIt Submission進入； 2、進入Contact Information完善個人信息（此處的郵箱仍然不建議使用qq郵箱、163郵箱和foxmail郵箱），然后點擊Continue進行下一步； 3、進入Reference界面，按照順序填寫作者姓名，如果有參考的題目在此處也可以附上，點擊Continue進入下一步； 三、Sequence上傳，信息填寫 1、Sequencing Technology填寫完全后，點擊Continute進入下一步； 必填項：需要填寫測序平臺、基因組組裝軟件及版本；其中不同的小基因組的組裝軟件也會一些差異，具體的可根據我司交付的結題報告上的軟件及版本進行填寫； 選填項：Assembly name和測序深度； 2、進入Nucleotide界面，需要填寫釋放數據日期，序列的分子類型是環狀or線性（完整的質粒/線粒體/葉綠體基因組一般為環狀，病毒基因組既有線性的也有環狀的），以及是否為完整的基因組，然后上傳基因組的核苷酸序列（fasta格式文件），上傳后點擊Continue進入下一步； 3、進入Organism界面，填寫上傳物種的拉丁名后，點擊Continue進入下一步； 4、進入Submission Categeory界面，選擇是否有NCBI 注釋—選擇Yes，點擊Continue進入下一步； 5、進入Source Modifiers界面，選擇樣本類型：線粒體、葉綠體或其他類型；另外需要選填物種的來源，保存單位（xxx單位分離及分離信息 xxx單位保存或 xxx保藏中心保存）和樣本收集時間等信息，填寫結束后點擊Continue進入下一步； 6、進入Feature界面，上傳tbl格式文件，點擊Upload File生成注釋信息；確認無誤后點擊Continue進入下一步（Continue在Feature文件的下方，拖動界面很長哦，堅持住）； 四、數據提交 核查已填入的信息是否有誤，有問題的話返回對應的界面進行修改，確認無誤后點擊Finish Submission完成本次NCBI上傳。一般上傳一個星期內NCBI會發郵件到郵箱，給出相應的登錄號，這個登錄號可直接用于后續的文章中。 以上就是小基因組數據上傳NCBI的詳細步驟，是不是很簡單？研究小基因組的親們趕快動起你的手指，跟隨小編的步驟練習一下吧！如果大家在上傳過程中有任何疑問，歡迎隨時和我們一起探討，可在文末留言或者郵件交流（[email protected]）。 下一期我們將介紹《真菌基因組上傳NCBI的流程》，感興趣的老師可以繼續關注我們哦，我們下期再見。
