微衛星 (Microsatellite) 又稱小串聯重復 (Short Tandem Repeats, STRs)(Simple Sequence Repeats, SSR)。在各種真核生物基因組中，分布廣且比較均勻。平均每 6 kb 長度中就有 1 個微衛星位點 (Beckmann ＆ Weber， 1992)。但隨著每個重復單位堿基長度的增加，微衛星位點的總數減少。具有突變速率快、多態性高等特點。
SSR 分子標記開發是指對多個混合樣品的全基因組 DNA 構建基因組文庫，利用探針，采用磁珠富集法富集得到SSR 的中間區域及兩端的保守序列區域，采用二代高通量測序平臺對文庫進行序列測定，利用生物信息學的分析方法獲得具有多態性的 SSR 序列并設計引物。
◇ 遺傳圖譜構建 ◇ 種質鑒定 ◇ 遺傳多樣性分析 ◇ 基因定位 ◇ 數量性狀基因座（QTL）分析
測序平臺及模式 | Illumina MiSeq, PE250 |
樣本選擇及數據量 | 1-5 個樣，推薦1.0 Gb； 5-10 個樣，推薦1.5 Gb； 10-20 個樣，推薦2.0 Gb； 備注：不同樣本分別提取DNA后等量混合建庫 |
DNA樣本量 | 總量≥1.0 μg，濃度≥20 ng/μl （總樣本） |
項目周期 | 標準分析36天 |
交付指標 | 提供不少于100對引物（經過篩選后具有多態性的） |
參考基因組 | 有參、無參均可 |
